Convertisseur PDB en SMILES
En bref : convertissez un texte de structure PDB en SMILES grâce à un résolveur chimique public, au mieux de ses possibilités. C'est gratuit, cela fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez un texte PDB et convertissez-le en SMILES avec un résolveur au mieux de ses possibilités. Pour les grosses protéines, utilisez des blocs PDB du ligand seul.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : PDB | Sortie : SMILES | |
|---|---|---|
| Nom complet | PDB (format Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Contenu | Coordonnées atomiques 3D en colonnes fixes. Utilisé pour les protéines et les petites molécules. | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. |
| Fichier ou forme | .pdb | .smi ou texte brut |
Les formats de fichier expliqués
PDB enregistre les coordonnées 3D des atomes, les noms de résidus, les chaînes, le taux d'occupation, le facteur B et les éléments. Il est courant pour les protéines, les ligands, les structures cristallines et la visualisation moléculaire.
SMILES représente une molécule sous forme d'une ligne de texte compacte décrivant la connectivité. Il convient surtout aux petites molécules et aux ligands, pas aux macromolécules protéiques entières.
Pour de meilleurs résultats, convertissez des blocs PDB du ligand seul. Les fichiers PDB de protéines contiennent souvent de nombreux résidus et pas d'information sur l'ordre des liaisons : une conversion directe de PDB en SMILES peut donc être ambiguë.
Convertir des ligands PDB en SMILES
Les fichiers PDB enregistrent des coordonnées atomiques, principalement de protéines et d'acides nucléiques issues de la cristallographie, de la RMN ou de la cryo-ME. Les ligands de petite taille apparaissent sous forme d'enregistrements HETATM. Le format omet souvent l'ordre des liaisons des ligands : convertir les coordonnées en chaîne SMILES oblige donc à déduire les liaisons des distances interatomiques et de modèles de résidus. C'est pourquoi les résultats sont donnés au mieux.
Obtenir de bons résultats
- Extrayez uniquement le ligand : copiez ses lignes HETATM (et ses éventuelles lignes CONECT) plutôt que toute la protéine.
- Retirez les molécules d'eau (nom de résidu HOH) et les ions sans rapport.
- Convertissez puis vérifiez le SMILES en le dessinant avec SMILES en structure.
Problèmes fréquents
- Hydrogènes manquants : la plupart des structures cristallines omettent les hydrogènes ; vérifiez donc les ordres de liaison et les charges.
- Ordres de liaison erronés : les cycles aromatiques et les carbonyles peuvent être mal attribués quand la géométrie est déformée ; comparez avec la fiche du ligand dans le PDB Chemical Component Dictionary.
- Conformations alternatives : n'en gardez qu'une (par exemple altLoc A) pour éviter les atomes en double.
Pour visualiser la protéine elle-même, utilisez le visualiseur de protéines.
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