Convertisseur SMILES en SDF
En bref : convertissez des SMILES au format SDF pour le criblage et la constitution de jeux de données. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Convertissez des SMILES en SDF pour vos jeux de données et chaînes de criblage virtuel.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SMILES | Sortie : SDF | |
|---|---|---|
| Nom complet | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Contenu | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. | Un ou plusieurs enregistrements MOL, chacun avec des champs de données facultatifs, séparés par $$$$. |
| Fichier ou forme | .smi ou texte brut | .sdf |
Les formats de fichier expliqués
SMILES est une représentation compacte de la connectivité moléculaire sous forme de chaîne. Il est pratique pour la recherche et l'échange, mais ne contient généralement pas de métadonnées détaillées.
SDF est un format de fichier structure-données qui peut stocker un ou plusieurs enregistrements de molécules, généralement avec des blocs atomes/liaisons de type MOL et des champs de propriétés facultatifs. Le SDF est courant dans les chimiothèques de criblage, les jeux de données de composés et les chaînes de traitement chémoinformatiques.
Utilisez le SDF quand vous avez besoin d'un fichier qui transporte à la fois les structures et les propriétés des composés. Vérifiez la stéréochimie et les coordonnées générées avant un usage en lot.
Pourquoi le SDF
Le SDF (structure-data file) stocke une ou plusieurs structures, chacune sous forme de table de connexions MOL suivie de champs de données nommés facultatifs et d'un séparateur $$$$. C'est le moyen standard d'échanger des ensembles de composés entre outils de chémoinformatique, systèmes d'enregistrement de composés et bases de données, car des propriétés comme les identifiants, les noms ou les résultats de tests accompagnent chaque structure.
Mode d'emploi
- Collez un SMILES, par exemple le paracétamol
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Convertissez puis téléchargez le fichier .sdf.
- Ouvrez-le dans votre logiciel de chimie, ou rassemblez plusieurs fichiers convertis en une seule chimiothèque.
Exemple de structure d'un enregistrement
- Les lignes d'en-tête, puis la ligne de comptage avec le nombre d'atomes et de liaisons.
- Le bloc des atomes (coordonnées et éléments) et le bloc des liaisons.
M END, puis d'éventuels champs de données comme> <NAME>suivis d'une valeur.$$$$pour clore l'enregistrement.
FAQ
Quelle différence entre SDF et MOL ? Un fichier MOL contient une seule structure ; un SDF peut en contenir plusieurs, avec des données. Peut-on revenir aux identifiants ? Oui, avec SDF en InChIKey ou SDF en InChI.
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