Convertidor de SMILES a SDF
En resumen: convierte cadenas SMILES al formato SDF para cribado y conjuntos de datos. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descargas.
Convierte SMILES a SDF para conjuntos de datos y procesos de cribado virtual.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: SMILES | Salida: SDF | |
|---|---|---|
| Nombre completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File, archivo de datos estructurales) |
| Qué contiene | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una sola línea de texto. Sin coordenadas. | Uno o más registros MOL, cada uno con campos de datos opcionales, separados por $$$$. |
| Archivo o forma | .smi o texto plano | .sdf |
Formatos de archivo
SMILES es una representación compacta en forma de cadena de la conectividad molecular. Es práctica para buscar e intercambiar estructuras, pero normalmente no incluye metadatos detallados.
SDF es un formato de archivo de estructuras y datos que puede almacenar uno o varios registros de moléculas, normalmente con bloques de átomos y enlaces al estilo MOL más campos de propiedades opcionales. El SDF es habitual en bibliotecas de cribado, conjuntos de compuestos y procesos de quimioinformática.
Usa SDF cuando necesites un archivo que contenga a la vez registros de estructuras y propiedades de compuestos. Revisa la estereoquímica y las coordenadas generadas antes de usarlo por lotes.
Por qué SDF
El SDF (structure-data file) almacena una o más estructuras, cada una como una tabla de conexiones MOL seguida de campos de datos con nombre opcionales y un separador $$$$. Es la forma estándar de mover conjuntos de compuestos entre herramientas de quimioinformática, sistemas de registro de compuestos y bases de datos, porque propiedades como identificadores, nombres o resultados de ensayos pueden viajar con cada estructura.
Cómo usarlo
- Pega un SMILES, por ejemplo el del paracetamol,
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Convierte y descarga el archivo .sdf.
- Ábrelo en tu software de química o combina varios archivos convertidos en una sola biblioteca.
Ejemplo de estructura de un registro
- Líneas de cabecera y luego la línea de recuentos con el número de átomos y de enlaces.
- El bloque de átomos (coordenadas y elementos) y el bloque de enlaces.
M ENDy después los campos de datos, como> <NAME>seguido de un valor.$$$$para cerrar el registro.
Preguntas frecuentes
¿En qué se diferencia SDF de MOL? Un archivo MOL contiene una sola estructura; un SDF puede contener muchas, con datos. ¿Puedo volver a obtener identificadores? Sí, con SDF a InChIKey o SDF a InChI.
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