Convertidor de PDB a SMILES
En resumen: convierte texto de estructuras PDB a SMILES mediante un resolvedor químico público, en la medida de lo posible. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descargas.
Pega texto PDB y conviértelo a SMILES con un resolvedor aproximado. Para proteínas grandes, usa bloques PDB que contengan solo el ligando.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: PDB | Salida: SMILES | |
|---|---|---|
| Nombre completo | PDB (formato Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Qué contiene | Coordenadas atómicas 3D en columnas fijas. Se usa para proteínas y moléculas pequeñas. | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una sola línea de texto. Sin coordenadas. |
| Archivo o forma | .pdb | .smi o texto plano |
Formatos de archivo
PDB almacena coordenadas atómicas 3D, nombres de residuos, cadenas, ocupación, factor B y datos de los elementos. Es habitual para proteínas, ligandos, estructuras cristalinas y visualización molecular.
SMILES representa una molécula como una línea compacta de texto de conectividad. Es ideal para moléculas pequeñas y ligandos, no para macromoléculas proteicas completas.
Para obtener mejores resultados, convierte bloques PDB que contengan solo el ligando. Los archivos PDB de proteínas suelen contener muchos residuos y carecen de información sobre órdenes de enlace, por lo que una conversión directa de PDB a SMILES puede ser ambigua.
Conversión de ligandos PDB a SMILES
Los archivos PDB almacenan coordenadas atómicas, principalmente de proteínas y ácidos nucleicos obtenidas por cristalografía, RMN o crio-ME. Los ligandos de molécula pequeña aparecen como registros HETATM. El formato a menudo no incluye órdenes de enlace explícitos para los ligandos, así que convertir coordenadas en una cadena SMILES implica deducir los enlaces a partir de las distancias entre átomos y de plantillas de residuos. Por eso los resultados son aproximados.
Cómo obtener buenos resultados
- Extrae solo el ligando: copia sus líneas HETATM (y las líneas CONECT correspondientes) en lugar de la proteína entera.
- Elimina las moléculas de agua (nombre de residuo HOH) y los iones no relacionados.
- Convierte y comprueba el SMILES dibujándolo con SMILES a estructura.
Problemas habituales
- Hidrógenos ausentes: la mayoría de las estructuras cristalinas omiten los hidrógenos, por lo que puede que haya que revisar órdenes de enlace y cargas.
- Órdenes de enlace incorrectos: los anillos aromáticos y los carbonilos pueden asignarse mal cuando la geometría está distorsionada; compáralos con la entrada del ligando en el PDB Chemical Component Dictionary.
- Conformaciones alternativas: conserva solo una (por ejemplo, altLoc A) para evitar átomos duplicados.
Para ver la propia proteína, usa el visor de proteínas.
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