Convertidor de SMILES a PDBQT
En resumen: convierte una cadena SMILES al formato PDBQT para acoplamiento molecular y flujos de trabajo tipo AutoDock. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descargas.
Convierte SMILES a PDBQT en dos pasos: genera un PDB 3D a partir del SMILES y luego transforma la estructura en texto PDBQT listo para el acoplamiento molecular.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: SMILES | Salida: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nombre completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (formato AutoDock) |
| Qué contiene | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una sola línea de texto. Sin coordenadas. | Coordenadas PDB más cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T), con datos de torsión para ligandos. |
| Archivo o forma | .smi o texto plano | .pdbqt |
Flujo de trabajo técnico
- Paso 1: la herramienta solicita coordenadas PDB 3D a un servicio público de conversión de SMILES.
- Paso 2: las líneas de átomos del PDB se reescriben como registros de tipo PDBQT con columnas de tipo de átomo y carga.
- Usa este convertidor rápido para borradores; ajusta la protonación y las torsiones en el software de acoplamiento cuando sea necesario.
Formatos de archivo
SMILES es una cadena compacta de conectividad. Sirve para describir un ligando rápidamente, pero no contiene tipos de átomo para acoplamiento, cargas, torsiones ni coordenadas 3D.
PDBQT es un formato de acoplamiento tipo AutoDock. Almacena coordenadas similares a las de PDB más campos de carga parcial y de tipo de átomo de AutoDock, y los archivos de ligandos pueden incluir registros del árbol de torsiones como ROOT, BRANCH, ENDBRANCH y TORSDOF.
Este convertidor crea un borrador de PDBQT en el navegador. Para un acoplamiento definitivo con AutoDock Vina, revisa los hidrógenos, la protonación, el modelo de cargas, la asignación de tipos de átomo y los enlaces rotables.
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