Convertidor de SMILES a MOL2
En resumen: convierte cadenas SMILES al formato MOL2 para acoplamiento molecular y química médica. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descargas.
Convierte cadenas SMILES al formato MOL2 para acoplamiento molecular y compatibilidad con otros programas.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: SMILES | Salida: MOL2 | |
|---|---|---|
| Nombre completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Qué contiene | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una sola línea de texto. Sin coordenadas. | Coordenadas 3D, enlaces, tipos de átomo y cargas parciales. |
| Archivo o forma | .smi o texto plano | .mol2 |
Formatos de archivo
SMILES almacena la conectividad de una molécula en una línea corta de texto. Es útil como identificador, pero no incluye los tipos de átomo de Tripos ni las secciones de molécula.
MOL2 es el formato Mol2 de Tripos. Puede almacenar átomos, enlaces, subestructuras, tipos de átomo, coordenadas y cargas, lo que lo hace útil en acoplamiento molecular, modelado molecular y química médica.
Usa MOL2 cuando una herramienta de acoplamiento o modelado espere tipos de átomo de Tripos o campos de carga. Valida la protonación, las cargas y las coordenadas generadas antes de un acoplamiento definitivo.
Cuándo necesitas MOL2
MOL2 es un formato de entrada habitual para acoplamiento molecular, cribado virtual y mecánica molecular. Además de las coordenadas, almacena los tipos de átomo SYBYL y las cargas parciales, de los que dependen muchos programas de modelado. Convertir una cadena SMILES a MOL2 es una forma rápida de preparar un ligando cuando solo tienes su estructura como texto.
Cómo usarlo
- Pega el SMILES de tu ligando, por ejemplo el del ibuprofeno,
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Convierte y descarga el archivo .mol2.
- Ábrelo en tu software de modelado o de acoplamiento.
Antes del acoplamiento
- Protonación: decide qué estado de carga es relevante al pH de interés. Un ácido carboxílico como el ibuprofeno está mayoritariamente desprotonado a pH 7,4.
- Estereoquímica: indica @ o @@ en el SMILES para los centros quirales; de lo contrario, la geometría generada puede elegir uno arbitrariamente.
- Geometría: las coordenadas 3D generadas son un confórmero de partida; normalmente se recomienda minimizar la energía en tu programa de modelado.
Para programas de acoplamiento que necesitan PDBQT, consulta SMILES a PDBQT. Para la conversión inversa, usa MOL2 a SMILES.
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