Convertidor de PDB a PDBQT online
En resumen: Pega texto PDB, sube un archivo .pdb o importa por ID de PDB para generar un borrador PDBQT con orientación sobre tipos de átomo AutoDock, cargas, torsiones y formato. Es gratis, funciona en tu navegador web y no requiere descargas.
Pega una estructura PDB, sube un archivo .pdb o importa una estructura por ID de PDB desde el Protein Data Bank y conviértela a PDBQT para pipelines de docking. Esta herramienta del navegador añade columnas de elemento y de carga/tipo con el formato PDBQT para una preparación rápida.
Entrada PDB
Pega texto PDB, sube un archivo PDB local o introduce un ID de PDB de 4 caracteres.
Salida PDBQT
Formatos de entrada y salida
| Entrada: PDB | Salida: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nombre completo | PDB (formato Protein Data Bank) | PDBQT (formato AutoDock) |
| Qué contiene | Coordenadas atómicas 3D en columnas fijas. Se usa para proteínas y moléculas pequeñas. | Coordenadas PDB más cargas parciales (Q) y tipos de átomo AutoDock (T), con datos de torsión para ligandos. |
| Archivo o forma | .pdb | .pdbqt |
Notas para flujos de docking
- Esta herramienta crea directamente en el navegador un texto con formato PDBQT práctico para prototipos rápidos.
- Para ejecuciones de docking definitivas, puedes afinar el estado de protonación y las definiciones de torsión en tu software de docking.
- Usa esta página como utilidad de conversión rápida cuando necesites un borrador de estructura PDBQT.
Cómo convertir PDB a PDBQT online
- Pega texto PDB, sube un archivo .pdb local o escribe un ID de PDB de 4 caracteres, como 1CRN.
- Haz clic en Convertir a PDBQT. El convertidor conserva las coordenadas ATOM/HETATM y escribe campos de carga y tipo de átomo AutoDock con formato PDBQT.
- Copia o descarga el archivo .pdbqt generado para preparar el docking, hacer comprobaciones rápidas o usarlo como ejemplo docente.
- Antes de un docking real, revisa en tu flujo de trabajo los hidrógenos, la protonación, las cargas, los tipos de átomo, los enlaces flexibles y la limpieza del receptor.
PDB vs PDBQT
PDB es un formato general de coordenadas de biología estructural. PDBQT se usa habitualmente en herramientas de docking tipo AutoDock porque incluye la asignación de tipos de átomo y la información de cargas parciales necesarias en los cálculos de docking.
| Formato | Qué almacena | Uso habitual |
|---|---|---|
| PDB | Nombres de átomo, nombres de residuo, cadenas, coordenadas, ocupación, factor B y símbolos de elemento. | Estructuras de proteínas, ligandos, archivos de cristalografía, visualización e intercambio de datos en biología estructural. |
| PDBQ | Coordenadas de tipo PDB más información de carga parcial. | Flujos antiguos de preparación para docking en los que se necesita la carga pero no se almacena el tipo de átomo AutoDock como en PDBQT. |
| PDBQT | Coordenadas de tipo PDB más campos de carga parcial y tipo de átomo AutoDock. Los ligandos pueden incluir registros del árbol de torsiones. | AutoDock, AutoDock Vina, pipelines de docking, preparación de ligandos/receptores y tutoriales de docking. |
Herramientas de docking y estructuras relacionadas
El formato PDBQT explicado
Un archivo PDBQT se parece a un archivo PDB, pero las herramientas de docking leen campos adicionales al final de cada línea de átomo. La parte Q representa la carga parcial y la parte T, el tipo de átomo AutoDock.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Tipos de átomo
Los tipos de átomo AutoDock como C, N, OA, SA, HD, Cl y Zn indican al software de docking cómo interpretar cada átomo durante la puntuación.
Cargas
PDBQT almacena cargas parciales. Este convertidor rápido en el navegador escribe un campo de carga neutro de borrador, por lo que en un docking definitivo conviene asignar las cargas adecuadas con una herramienta de preparación específica.
Torsiones
Los archivos PDBQT de ligandos flexibles pueden incluir registros ROOT, BRANCH, ENDBRANCH y TORSDOF que describen los enlaces rotables y los grados de libertad torsionales.
Receptores vs ligandos
La preparación del PDBQT de un receptor suele centrarse en la limpieza, los hidrógenos, las cargas y los tipos de átomo. La de un ligando requiere además gestionar los enlaces rotables y el árbol de torsiones.
Lista de comprobación PDBQT para AutoDock Vina
Usa esta lista al preparar archivos PDBQT para AutoDock, AutoDock Vina o flujos de docking relacionados.
- Limpia el PDB: elimina aguas irrelevantes, cadenas duplicadas, conformaciones alternativas y ligandos que no sean el objetivo, salvo que se necesiten.
- Añade hidrógenos: las puntuaciones de docking son sensibles a la colocación de los hidrógenos, sobre todo de los hidrógenos polares y los donadores de enlaces de hidrógeno.
- Comprueba la protonación: elige el estado de protonación esperado al pH de tu ensayo o en las condiciones biológicas.
- Asigna cargas: usa un flujo de preparación para docking para obtener cargas parciales realistas antes del docking final.
- Revisa los tipos de átomo: los metales, halógenos, azufre, fósforo y átomos cargados pueden requerir una asignación de tipos cuidadosa.
- Gestiona las torsiones: los archivos PDBQT de ligandos deben definir correctamente los enlaces rotables; los del receptor suelen ser rígidos salvo que se preparen por separado cadenas laterales flexibles.
- Valida la salida: abre el PDBQT en tu herramienta de docking o de visualización antes de lanzar un trabajo por lotes largo.
PDBQT a PDB: ¿qué ocurre a la inversa?
Búsquedas como convertidor de PDBQT a PDB suelen indicar que el usuario quiere un archivo de coordenadas sencillo para visualizar. A menudo un archivo PDBQT puede reducirse de nuevo a registros ATOM/HETATM de tipo PDB eliminando los metadatos de carga, tipo de átomo y árbol de torsiones. Sin embargo, PDB no puede conservar registros específicos de AutoDock como ROOT, BRANCH, ENDBRANCH y TORSDOF.
Preguntas frecuentes
¿PDBQT es lo mismo que PDB?
No. PDB es un formato general de coordenadas. PDBQT es un formato de docking que añade campos de carga parcial y tipo de átomo AutoDock, y puede incluir información del árbol de torsiones para ligandos flexibles.
¿Por qué AutoDock y Vina necesitan PDBQT?
Los programas de docking necesitan tipos de átomo e información de cargas para la puntuación y la evaluación de interacciones. El PDB por sí solo no suele contener suficiente información específica para docking.
¿Esta herramienta calcula cargas de Gasteiger reales?
No. Esta página crea en el navegador un borrador PDBQT rápido con un campo de carga neutro. Usa un flujo completo de preparación para docking para la asignación final de cargas.
¿Puedo importar directamente desde el Protein Data Bank?
Sí. Introduce un ID de PDB de 4 caracteres, como 1CRN, y la herramienta importará el archivo PDB desde RCSB antes de generar el borrador PDBQT.
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