PDB-in-SMILES-Konverter
Kurz gesagt: Wandle PDB-Strukturtext mithilfe eines öffentlichen Chemie-Resolvers nach bestem Bemühen in SMILES um. Das Tool ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge PDB-Text ein und wandle ihn mit einem Resolver nach bestem Bemühen in SMILES um. Verwende bei großen Proteinen PDB-Blöcke, die nur den Liganden enthalten.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: PDB | Ausgabe: SMILES | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | PDB (Protein-Data-Bank-Format) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Inhalt | 3D-Atomkoordinaten in festen Spalten. Wird für Proteine und kleine Moleküle verwendet. | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. |
| Datei oder Form | .pdb | .smi oder Klartext |
Dateiformate erklärt
PDB speichert 3D-Atomkoordinaten, Residuennamen, Ketten, Besetzung, B-Faktor und Elementangaben. Das Format ist üblich für Proteine, Liganden, Kristallstrukturen und Molekülvisualisierung.
SMILES speichert ein Molekül als kompakte Textzeile seiner Verknüpfung. Es eignet sich am besten für kleine Moleküle und Liganden, nicht für vollständige Protein-Makromoleküle.
Die besten Ergebnisse erzielst du mit PDB-Blöcken, die nur den Liganden enthalten. Protein-PDB-Dateien enthalten oft viele Residuen und keine Bindungsordnungen, daher kann eine direkte Umwandlung von PDB in SMILES mehrdeutig sein.
PDB-Liganden in SMILES umwandeln
PDB-Dateien speichern Atomkoordinaten, vor allem für Proteine und Nukleinsäuren aus Kristallographie, NMR oder Kryo-EM. Kleine Liganden erscheinen als HETATM-Einträge. Oft fehlen explizite Bindungsordnungen für Liganden, daher müssen die Bindungen bei der Umwandlung in einen SMILES-String aus Atomabständen und Residuen-Vorlagen abgeleitet werden. Deshalb sind die Ergebnisse ohne Gewähr.
So erhältst du gute Ergebnisse
- Extrahiere nur den Liganden: Kopiere seine HETATM-Zeilen (und zugehörige CONECT-Zeilen) statt des ganzen Proteins.
- Entferne Wassermoleküle (Residuenname HOH) und nicht beteiligte Ionen.
- Wandle um und prüfe den SMILES, indem du ihn mit SMILES in Struktur zeichnest.
Häufige Probleme
- Fehlende Wasserstoffatome: Die meisten Kristallstrukturen enthalten keine Wasserstoffatome, daher müssen Bindungsordnungen und Ladungen eventuell geprüft werden.
- Falsche Bindungsordnungen: Aromatische Ringe und Carbonylgruppen können bei verzerrter Geometrie falsch zugeordnet werden; vergleiche mit dem Eintrag des Liganden im PDB Chemical Component Dictionary.
- Alternative Konformationen: Behalte nur eine (zum Beispiel altLoc A), um doppelte Atome zu vermeiden.
Um das Protein selbst anzusehen, nutze den Protein-Viewer.
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