SMILES-in-SDF-Konverter
Kurz gesagt: Wandle SMILES-Strings in das SDF-Format für Screening und Datensätze um. Kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
SMILES in SDF umwandeln – für Datensätze und virtuelles Screening.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SMILES | Ausgabe: SDF | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Inhalt | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. | Ein oder mehrere MOL-Datensätze, jeweils mit optionalen Datenfeldern, getrennt durch $$$$. |
| Datei oder Form | .smi oder Klartext | .sdf |
Dateiformate erklärt
SMILES ist eine kompakte String-Darstellung der Konnektivität eines Moleküls. Er ist praktisch für Suche und Austausch, enthält aber meist keine umfangreichen Metadaten.
SDF ist ein Structure-Data-Dateiformat, das einen oder viele Moleküldatensätze speichern kann, meist mit Atom- und Bindungsblöcken wie in MOL sowie optionalen Eigenschaftsfeldern. SDF ist verbreitet in Screening-Bibliotheken, Substanzdatensätzen und Cheminformatik-Pipelines.
Verwende SDF, wenn du eine Datei brauchst, die Strukturdatensätze und Substanzeigenschaften gemeinsam enthält. Prüfe Stereochemie und erzeugte Koordinaten vor der Batch-Verarbeitung.
Warum SDF
Eine SDF (Structure-Data File) speichert eine oder mehrere Strukturen, jeweils als MOL-Verknüpfungstabelle, gefolgt von optionalen benannten Datenfeldern und einem Trennzeichen $$$$. Sie ist der Standardweg, um Substanzsammlungen zwischen Cheminformatik-Tools, Registrierungssystemen und Datenbanken auszutauschen, weil Eigenschaften wie IDs, Namen oder Assay-Ergebnisse mit jeder Struktur mitwandern können.
So funktioniert es
- Füge einen SMILES ein, z. B. Paracetamol
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Umwandeln und die .sdf-Datei herunterladen.
- Öffne sie in deiner Chemie-Software oder fasse mehrere umgewandelte Dateien zu einer Bibliothek zusammen.
Beispielhafter Aufbau eines Datensatzes
- Kopfzeilen, dann die Counts-Zeile mit der Anzahl der Atome und Bindungen.
- Der Atomblock (Koordinaten und Elemente) und der Bindungsblock.
M END, danach beliebige Datenfelder wie> <NAME>, gefolgt von einem Wert.$$$$schließt den Datensatz ab.
FAQ
Worin unterscheidet sich SDF von MOL? Eine MOL-Datei enthält eine Struktur; eine SDF kann viele enthalten, samt Daten. Kann ich zurück zu Kennungen? Ja, mit SDF in InChIKey oder SDF in InChI.
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