SMILES-in-PDBQT-Konverter
Kurz gesagt: Wandle einen SMILES-String in das PDBQT-Format für molekulares Docking und AutoDock-Workflows um. Kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
SMILES in zwei Schritten in PDBQT umwandeln: aus dem SMILES eine 3D-PDB erzeugen und die Struktur dann in PDBQT-Text für Docking-fertige Workflows umformen.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SMILES | Ausgabe: PDBQT | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (AutoDock-Format) |
| Inhalt | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. | PDB-Koordinaten plus Partialladungen (Q) und AutoDock-Atomtypen (T), bei Liganden mit Torsionsdaten. |
| Datei oder Form | .smi oder Klartext | .pdbqt |
Technischer Ablauf
- Schritt 1: Das Tool fordert 3D-PDB-Koordinaten von einem öffentlichen SMILES-Konvertierungsdienst an.
- Schritt 2: Die PDB-Atomzeilen werden in PDBQT-Datensätze mit Spalten für Atomtyp und Ladung umgeschrieben.
- Nutze diesen Schnellkonverter für Entwürfe; Protonierung und Torsionseinstellungen kannst du bei Bedarf in der Docking-Software feinabstimmen.
Dateiformate erklärt
SMILES ist ein kompakter Konnektivitäts-String. Er beschreibt einen Liganden schnell, enthält aber keine Docking-Atomtypen, Ladungen, Torsionen oder 3D-Koordinaten.
PDBQT ist ein Docking-Format im AutoDock-Stil. Es speichert PDB-ähnliche Koordinaten sowie Felder für Partialladung und AutoDock-Atomtyp; Ligandendateien können Torsionsbaum-Einträge wie ROOT, BRANCH, ENDBRANCH und TORSDOF enthalten.
Dieser Konverter erstellt einen PDBQT-Entwurf im Browser. Für echtes Docking mit AutoDock Vina prüfe Wasserstoffatome, Protonierung, Ladungsmodell, Atomtypisierung und drehbare Bindungen.
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