PDB in PDBQT umwandeln – online
Kurz gesagt: PDB-Text einfügen, eine .pdb-Datei hochladen oder per PDB-ID importieren und einen PDBQT-Entwurf mit Hinweisen zu AutoDock-Atomtypen, Ladungen, Torsionen und Format erzeugen. Das Tool ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge eine PDB-Struktur ein, lade eine .pdb-Datei hoch oder importiere eine Struktur per PDB-ID aus der Protein Data Bank und wandle sie für Docking-Pipelines in PDBQT um. Dieses Browser-Tool ergänzt Element- sowie Ladungs-/Typspalten im PDBQT-Layout für eine schnelle Vorbereitung.
PDB-Eingabe
PDB-Text einfügen, eine lokale PDB-Datei hochladen oder eine 4-stellige PDB-ID eingeben.
PDBQT-Ausgabe
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: PDB | Ausgabe: PDBQT | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | PDB (Protein-Data-Bank-Format) | PDBQT (AutoDock-Format) |
| Inhalt | 3D-Atomkoordinaten in festen Spalten. Wird für Proteine und kleine Moleküle verwendet. | PDB-Koordinaten plus Partialladungen (Q) und AutoDock-Atomtypen (T), bei Liganden mit Torsionsdaten. |
| Datei oder Form | .pdb | .pdbqt |
Hinweise für Docking-Workflows
- Dieses Tool erstellt direkt im Browser ein praxistaugliches PDBQT-Textlayout für schnelles Prototyping.
- Für produktive Docking-Läufe kannst du Protonierungszustand und Torsionsdefinitionen in deiner Docking-Software weiter verfeinern.
- Nutze diese Seite als schnelles Konvertierungswerkzeug, wenn du rasch einen PDBQT-Strukturentwurf brauchst.
So wandelst du PDB online in PDBQT um
- Füge PDB-Text ein, lade eine lokale .pdb-Datei hoch oder gib eine 4-stellige PDB-ID wie 1CRN ein.
- Klicke auf In PDBQT umwandeln. Der Konverter übernimmt die ATOM/HETATM-Koordinaten und schreibt PDBQT-artige Felder für Ladung und AutoDock-Atomtyp.
- Kopiere die erzeugte .pdbqt-Datei oder lade sie herunter – für die Docking-Vorbereitung, schnelle Prüfungen oder Lehrbeispiele.
- Prüfe vor einem echten Docking-Lauf Wasserstoffatome, Protonierung, Ladungen, Atomtypen, flexible Bindungen und die Rezeptorbereinigung in deinem Docking-Workflow.
PDB vs. PDBQT
PDB ist ein allgemeines Koordinatenformat der Strukturbiologie. PDBQT wird häufig von AutoDock-artigen Docking-Tools verwendet, weil es Atomtypisierung und Partialladungen enthält, die für Docking-Berechnungen nötig sind.
| Format | Gespeicherte Daten | Typische Verwendung |
|---|---|---|
| PDB | Atomnamen, Residuennamen, Ketten, Koordinaten, Besetzung, B-Faktor und Elementsymbole. | Proteinstrukturen, Liganden, Kristallographie-Dateien, Visualisierung und Datenaustausch in der Strukturbiologie. |
| PDBQ | PDB-ähnliche Koordinaten plus Partialladungen. | Ältere Workflows zur Docking-Vorbereitung, bei denen Ladungen nötig sind, der AutoDock-Atomtyp aber nicht wie in PDBQT gespeichert wird. |
| PDBQT | PDB-ähnliche Koordinaten plus Felder für Partialladung und AutoDock-Atomtyp. Liganden können Torsionsbaum-Einträge enthalten. | AutoDock, AutoDock Vina, Docking-Pipelines, Ligand-/Rezeptorvorbereitung und Docking-Tutorials. |
Weitere Docking- und Struktur-Tools
Das PDBQT-Format erklärt
Eine PDBQT-Datei sieht einer PDB-Datei ähnlich, doch Docking-Tools lesen zusätzliche Felder am Ende jeder Atomzeile. Q steht für die Partialladung, T für den AutoDock-Atomtyp.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Atomtypen
AutoDock-Atomtypen wie C, N, OA, SA, HD, Cl und Zn teilen der Docking-Software mit, wie jedes Atom beim Scoring zu behandeln ist.
Ladungen
PDBQT speichert Partialladungen. Dieser schnelle Browser-Konverter schreibt ein neutrales Entwurfs-Ladungsfeld; für produktives Docking sollten passende Ladungen daher mit einem eigenen Vorbereitungstool zugewiesen werden.
Torsionen
PDBQT-Dateien flexibler Liganden können ROOT-, BRANCH-, ENDBRANCH- und TORSDOF-Einträge enthalten, die drehbare Bindungen und Torsionsfreiheitsgrade beschreiben.
Rezeptoren vs. Liganden
Bei der Rezeptor-PDBQT-Vorbereitung geht es meist um Bereinigung, Wasserstoffatome, Ladungen und Atomtypen. Bei der Ligand-PDBQT-Vorbereitung kommen drehbare Bindungen und der Torsionsbaum hinzu.
AutoDock-Vina-Checkliste für PDBQT
Nutze diese Checkliste, wenn du PDBQT-Dateien für AutoDock, AutoDock Vina oder verwandte Docking-Workflows vorbereitest.
- PDB bereinigen: Entferne irrelevante Wassermoleküle, doppelte Ketten, alternative Konformationen und nicht relevante Liganden, sofern sie nicht benötigt werden.
- Wasserstoffatome ergänzen: Docking-Scores reagieren empfindlich auf die Platzierung von Wasserstoffatomen, insbesondere polarer Wasserstoffe und Wasserstoffbrücken-Donoren.
- Protonierung prüfen: Wähle den Protonierungszustand, der beim pH-Wert deines Assays oder unter biologischen Bedingungen zu erwarten ist.
- Ladungen zuweisen: Verwende vor dem finalen Docking einen Workflow zur Docking-Vorbereitung, um realistische Partialladungen zu erhalten.
- Atomtypen prüfen: Metalle, Halogene, Schwefel, Phosphor und geladene Atome erfordern unter Umständen eine sorgfältige Atomtypisierung.
- Torsionen behandeln: Ligand-PDBQT-Dateien sollten drehbare Bindungen korrekt definieren; Rezeptordateien sind meist starr, sofern flexible Seitenketten nicht separat vorbereitet werden.
- Ausgabe validieren: Öffne die PDBQT-Datei in deinem Docking- oder Visualisierungstool, bevor du einen langen Batch-Job startest.
PDBQT in PDB: Was passiert in umgekehrter Richtung?
Suchanfragen wie PDBQT-in-PDB-Konverter bedeuten meist, dass eine einfache Koordinatendatei zum Betrachten gewünscht ist. Eine PDBQT-Datei lässt sich oft auf PDB-ähnliche ATOM/HETATM-Einträge zurückführen, indem man die Metadaten zu Ladung, Atomtyp und Torsionsbaum entfernt. AutoDock-spezifische Einträge wie ROOT, BRANCH, ENDBRANCH und TORSDOF kann PDB jedoch nicht speichern.
Häufige Fragen
Ist PDBQT dasselbe wie PDB?
Nein. PDB ist ein allgemeines Koordinatenformat. PDBQT ist ein Docking-Format, das Felder für Partialladung und AutoDock-Atomtyp ergänzt und Torsionsbaum-Informationen für flexible Liganden enthalten kann.
Warum brauchen AutoDock und Vina PDBQT?
Docking-Programme benötigen Atomtypen und Ladungen für das Scoring und die Bewertung von Wechselwirkungen. PDB allein enthält dafür meist nicht genug dockingspezifische Informationen.
Berechnet dieses Tool echte Gasteiger-Ladungen?
Nein. Diese Seite erstellt im Browser einen schnellen PDBQT-Entwurf mit neutralem Ladungsfeld. Verwende für die endgültige Ladungszuweisung einen vollständigen Workflow zur Docking-Vorbereitung.
Kann ich direkt aus der Protein Data Bank importieren?
Ja. Gib eine 4-stellige PDB-ID wie 1CRN ein, und das Tool importiert die PDB-Datei von RCSB, bevor es den PDBQT-Entwurf erzeugt.
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