SMILES-in-MOL2-Konverter
Kurz gesagt: Wandle SMILES-Strings in das MOL2-Format für Docking und medizinische Chemie um. Kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
SMILES-Strings in das MOL2-Format umwandeln – für Docking und Workflows.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SMILES | Ausgabe: MOL2 | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Inhalt | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. | 3D-Koordinaten, Bindungen, Atomtypen und Partialladungen. |
| Datei oder Form | .smi oder Klartext | .mol2 |
Dateiformate erklärt
SMILES speichert die Konnektivität eines Moleküls in einer kurzen Textzeile. Das ist praktisch als Kennung, enthält aber weder Tripos-Atomtypen noch Molekülabschnitte.
MOL2 ist das Tripos-Mol2-Format. Es kann Atome, Bindungen, Substrukturen, Atomtypen, Koordinaten und Ladungen speichern und ist daher nützlich für Docking, Molecular Modeling und medizinische Chemie.
Verwende MOL2, wenn ein Docking- oder Modellierungsprogramm Tripos-Atomtypen oder Ladungsfelder erwartet. Prüfe Protonierung, Ladungen und erzeugte Koordinaten vor dem eigentlichen Docking.
Wann du MOL2 brauchst
MOL2 ist ein gängiges Eingabeformat für Docking, virtuelles Screening und Molekülmechanik. Neben Koordinaten speichert es SYBYL-Atomtypen und Partialladungen, auf die viele Modellierungsprogramme angewiesen sind. Einen SMILES-String in MOL2 umzuwandeln ist ein schneller Weg, einen Liganden vorzubereiten, wenn du seine Struktur nur als Text hast.
So funktioniert es
- Füge den SMILES deines Liganden ein, z. B. Ibuprofen
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Umwandeln und die .mol2-Datei herunterladen.
- Öffne sie in deiner Modellierungs- oder Docking-Software.
Vor dem Docking
- Protonierung: Lege fest, welcher Ladungszustand bei deinem Ziel-pH relevant ist. Eine Carbonsäure wie Ibuprofen liegt bei pH 7,4 überwiegend deprotoniert vor.
- Stereochemie: Gib für Stereozentren @ oder @@ im SMILES an; sonst wählt die erzeugte Geometrie womöglich willkürlich eine Konfiguration.
- Geometrie: Die erzeugten 3D-Koordinaten sind ein Startkonformer; eine Energieminimierung in deinem Modellierungsprogramm wird meist empfohlen.
Für Docking-Programme, die PDBQT brauchen, siehe SMILES in PDBQT. Für den umgekehrten Weg nutze MOL2 in SMILES.
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