Chuyển SMILES sang InChIKey
Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES thành mã định danh InChIKey dễ tìm kiếm. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải xuống.
Tạo mã định danh InChIKey gọn từ chuỗi SMILES.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SMILES | Đầu ra: InChIKey | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | InChIKey |
| Nội dung lưu trữ | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. | Chuỗi băm 27 ký tự của InChI, tạo ra để tìm kiếm trên web và cơ sở dữ liệu. Không thể chuyển ngược thành cấu trúc nếu không có cơ sở dữ liệu tra cứu. |
| Tệp hoặc dạng | .smi hoặc văn bản thuần | Văn bản dạng XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Giải thích định dạng tệp
SMILES là ký hiệu văn bản gọn cho cấu trúc phân tử. Nó hữu ích cho nhập liệu, chỉnh sửa và chuyển đổi.
InChIKey là mã định danh dạng băm có độ dài cố định, tạo từ InChI. Nó được thiết kế để đối chiếu cơ sở dữ liệu nhanh và tìm kiếm trên web, nhưng không thể đảo ngược hoàn toàn nếu không tra cứu cơ sở dữ liệu.
Dùng InChIKey khi cần khóa tìm kiếm ổn định cho một hợp chất; dùng SMILES khi cần chuỗi cấu trúc có thể chỉnh sửa.
Vì sao dùng InChIKey
InChIKey được thiết kế để tìm kiếm. Dán InChI hoặc SMILES đầy đủ vào công cụ tìm kiếm thường thất bại, vì các ký hiệu như =, / và dấu ngoặc được xử lý đặc biệt. Khóa 27 ký tự chỉ gồm chữ cái và gạch nối cho kết quả tìm kiếm sạch và khớp bản ghi cơ sở dữ liệu một cách tin cậy.
Ví dụ
Caffeine, CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C, cho InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N. Tìm khóa đó sẽ ra các trang về caffeine trên PubChem, ChEMBL và các cơ sở dữ liệu khác.
Cấu trúc của khóa
- 14 ký tự đầu: mã băm của thông tin liên kết.
- 10 ký tự tiếp theo: mã băm của lớp lập thể và đồng vị, cùng cờ phiên bản.
UHFFFAOYSAxuất hiện với cấu trúc không có lớp lập thể hay đồng vị. - Ký tự cuối: trạng thái proton hóa (N = trung hòa).
Hỏi đáp
Các đối quang có khóa khác nhau không? Có, nếu lập thể được xác định trong SMILES. Chúng có chung khối đầu và khác ở khối thứ hai. Có lấy lại cấu trúc từ khóa được không? Chỉ bằng tra cứu cơ sở dữ liệu, dùng InChIKey sang SMILES.
Cập nhật lần cuối: