Chuyển PDB sang PDBQT Trực tuyến
Tóm tắt: Dán văn bản PDB, tải lên tệp .pdb hoặc nhập theo PDB ID để tạo bản nháp PDBQT kèm hướng dẫn về kiểu nguyên tử AutoDock, điện tích, liên kết xoắn và định dạng. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần cài đặt.
Dán cấu trúc PDB, tải lên tệp .pdb hoặc nhập cấu trúc theo PDB ID từ Protein Data Bank, rồi chuyển sang PDBQT cho quy trình docking. Công cụ trên trình duyệt này thêm cột nguyên tố và cột điện tích/kiểu theo bố cục PDBQT để chuẩn bị nhanh.
Đầu vào PDB
Dán văn bản PDB, tải lên tệp PDB trên máy hoặc nhập PDB ID gồm 4 ký tự.
Đầu ra PDBQT
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: PDB | Đầu ra: PDBQT | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | PDB (định dạng Protein Data Bank) | PDBQT (định dạng AutoDock) |
| Nội dung lưu trữ | Tọa độ nguyên tử 3D theo các cột cố định. Dùng cho protein và phân tử nhỏ. | Tọa độ PDB cùng điện tích từng phần (Q) và kiểu nguyên tử AutoDock (T), kèm dữ liệu liên kết xoắn cho phối tử. |
| Tệp hoặc dạng | .pdb | .pdbqt |
Lưu ý cho quy trình docking
- Công cụ này tạo bố cục văn bản PDBQT thực dụng ngay trên trình duyệt để thử nghiệm nhanh.
- Với các lần chạy docking thực tế, bạn có thể tinh chỉnh thêm trạng thái proton hóa và định nghĩa liên kết xoắn trong phần mềm docking của mình.
- Dùng trang này như một tiện ích chuyển đổi nhanh khi bạn cần ngay một bản nháp cấu trúc PDBQT.
Cách chuyển PDB sang PDBQT trực tuyến
- Dán văn bản PDB, tải lên tệp .pdb trên máy hoặc nhập PDB ID gồm 4 ký tự như 1CRN.
- Nhấn Chuyển sang PDBQT. Công cụ giữ nguyên tọa độ ATOM/HETATM và ghi các trường điện tích kiểu PDBQT cùng kiểu nguyên tử AutoDock.
- Sao chép hoặc tải xuống tệp .pdbqt đã tạo để chuẩn bị docking, kiểm tra nhanh hoặc làm ví dụ giảng dạy.
- Trước khi chạy docking thực sự, hãy kiểm tra hydrogen, proton hóa, điện tích, kiểu nguyên tử, liên kết linh động và làm sạch thụ thể trong quy trình docking của bạn.
PDB và PDBQT
PDB là định dạng tọa độ chung trong sinh học cấu trúc. PDBQT thường được các công cụ docking kiểu AutoDock sử dụng vì nó mang thông tin kiểu nguyên tử và điện tích từng phần cần cho tính toán docking.
| Định dạng | Nội dung lưu trữ | Ứng dụng phổ biến |
|---|---|---|
| PDB | Tên nguyên tử, tên gốc (residue), chuỗi, tọa độ, độ chiếm chỗ, hệ số B và ký hiệu nguyên tố. | Cấu trúc protein, phối tử, tệp tinh thể học, trực quan hóa và trao đổi dữ liệu sinh học cấu trúc. |
| PDBQ | Tọa độ kiểu PDB cùng thông tin điện tích từng phần. | Các quy trình chuẩn bị docking cũ cần điện tích nhưng không lưu kiểu nguyên tử AutoDock như PDBQT. |
| PDBQT | Tọa độ kiểu PDB cùng các trường điện tích từng phần và kiểu nguyên tử AutoDock. Phối tử có thể kèm bản ghi cây xoắn. | AutoDock, AutoDock Vina, quy trình docking, chuẩn bị phối tử/thụ thể và hướng dẫn docking. |
Công cụ docking và cấu trúc liên quan
Giải thích định dạng PDBQT
Tệp PDBQT trông giống tệp PDB, nhưng phần mềm docking đọc thêm các trường ở gần cuối mỗi dòng nguyên tử. Phần Q biểu thị điện tích từng phần, còn phần T biểu thị kiểu nguyên tử AutoDock.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Kiểu nguyên tử
Các kiểu nguyên tử AutoDock như C, N, OA, SA, HD, Cl và Zn cho phần mềm docking biết cách diễn giải từng nguyên tử khi tính điểm (scoring).
Điện tích
PDBQT lưu điện tích từng phần. Công cụ chuyển đổi nhanh trên trình duyệt này ghi trường điện tích nháp trung hòa, vì vậy khi docking thực tế vẫn cần gán điện tích phù hợp bằng công cụ chuẩn bị chuyên dụng.
Liên kết xoắn
Tệp PDBQT của phối tử linh động có thể chứa các bản ghi ROOT, BRANCH, ENDBRANCH và TORSDOF để mô tả liên kết quay được và số bậc tự do xoắn.
Thụ thể và phối tử
Việc chuẩn bị PDBQT cho thụ thể thường tập trung vào làm sạch, hydrogen, điện tích và kiểu nguyên tử. Chuẩn bị PDBQT cho phối tử còn cần xử lý liên kết quay được và cây xoắn.
Danh sách kiểm tra PDBQT cho AutoDock Vina
Dùng danh sách này khi chuẩn bị tệp PDBQT cho AutoDock, AutoDock Vina hoặc các quy trình docking liên quan.
- Làm sạch PDB: loại bỏ phân tử nước không liên quan, chuỗi trùng lặp, cấu dạng thay thế và phối tử không phải mục tiêu, trừ khi cần thiết.
- Thêm hydrogen: điểm docking nhạy với vị trí hydrogen, đặc biệt là hydrogen phân cực và nhóm cho liên kết hydrogen.
- Kiểm tra proton hóa: chọn trạng thái proton hóa phù hợp với pH thí nghiệm hoặc điều kiện sinh học của bạn.
- Gán điện tích: dùng quy trình chuẩn bị docking để có điện tích từng phần sát thực tế trước khi docking chính thức.
- Xem lại kiểu nguyên tử: kim loại, halogen, sulfur, phosphorus và các nguyên tử mang điện có thể cần gán kiểu cẩn thận.
- Xử lý liên kết xoắn: tệp PDBQT của phối tử phải định nghĩa đúng các liên kết quay được; tệp thụ thể thường cứng trừ khi chuỗi bên linh động được chuẩn bị riêng.
- Kiểm tra kết quả: mở tệp PDBQT trong công cụ docking hoặc trực quan hóa trước khi chạy một lô công việc dài.
PDBQT sang PDB: chiều ngược lại thì sao?
Các tìm kiếm như chuyển PDBQT sang PDB thường có nghĩa là người dùng muốn một tệp tọa độ đơn giản để xem. Tệp PDBQT thường có thể rút gọn lại thành các bản ghi ATOM/HETATM kiểu PDB bằng cách bỏ siêu dữ liệu điện tích, kiểu nguyên tử và cây xoắn. Tuy nhiên, PDB không thể lưu các bản ghi riêng của AutoDock như ROOT, BRANCH, ENDBRANCH và TORSDOF.
Câu hỏi thường gặp
PDBQT có giống PDB không?
Không. PDB là định dạng tọa độ chung. PDBQT là định dạng docking bổ sung các trường điện tích từng phần và kiểu nguyên tử AutoDock, và có thể chứa thông tin cây xoắn cho phối tử linh động.
Vì sao AutoDock và Vina cần PDBQT?
Các chương trình docking cần thông tin kiểu nguyên tử và điện tích để tính điểm và đánh giá tương tác. Riêng PDB thường không chứa đủ thông tin dành cho docking.
Công cụ này có tính điện tích Gasteiger thực không?
Không. Trang này tạo nhanh bản nháp PDBQT trên trình duyệt với trường điện tích trung hòa. Hãy dùng quy trình chuẩn bị docking đầy đủ để gán điện tích cuối cùng.
Tôi có thể nhập trực tiếp từ Protein Data Bank không?
Có. Nhập PDB ID gồm 4 ký tự, ví dụ 1CRN, công cụ sẽ nhập tệp PDB từ RCSB trước khi tạo bản nháp PDBQT.
Cập nhật lần cuối: