Chuyển SMILES sang MOL2

Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES sang định dạng MOL2 cho docking và quy trình hóa dược. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.

Chuyển chuỗi SMILES sang định dạng MOL2 để tương thích với docking và các quy trình xử lý.

Giải thích định dạng tệp

SMILES lưu cách liên kết của phân tử trong một dòng văn bản ngắn. Nó hữu ích làm định danh, nhưng không chứa cách gán loại nguyên tử Tripos hay các phần mô tả phân tử.

MOL2 là định dạng Tripos Mol2. Nó có thể lưu nguyên tử, liên kết, cấu trúc con, loại nguyên tử, tọa độ và điện tích, nên hữu ích trong docking, mô hình hóa phân tử và hóa dược.

Dùng MOL2 khi công cụ docking hoặc mô hình hóa yêu cầu loại nguyên tử Tripos hoặc trường điện tích. Hãy kiểm tra trạng thái proton hóa, điện tích và tọa độ được tạo trước khi docking chính thức.

Khi nào bạn cần MOL2

MOL2 là định dạng đầu vào phổ biến cho docking, sàng lọc ảo và cơ học phân tử. Ngoài tọa độ, nó lưu loại nguyên tử SYBYL và điện tích riêng phần mà nhiều chương trình mô hình hóa cần dùng. Chuyển chuỗi SMILES sang MOL2 là cách nhanh để chuẩn bị phối tử khi bạn chỉ có cấu trúc dưới dạng văn bản.

Cách sử dụng

1. Dán SMILES của phối tử, ví dụ ibuprofen CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O.
2. Chuyển đổi và tải xuống tệp .mol2.
3. Mở tệp trong phần mềm mô hình hóa hoặc docking của bạn.

Trước khi docking

• Proton hóa: xác định trạng thái điện tích phù hợp ở pH mục tiêu. Một carboxylic acid như ibuprofen phần lớn bị deproton hóa ở pH 7,4.
• Hóa học lập thể: ghi rõ @ hoặc @@ trong SMILES cho các tâm bất đối; nếu không, hình học được tạo có thể chọn ngẫu nhiên một cấu hình.
• Hình học: tọa độ 3D được tạo chỉ là cấu dạng khởi đầu; thường nên tối ưu hóa năng lượng trong phần mềm mô hình hóa của bạn.

Với chương trình docking cần PDBQT, xem SMILES sang PDBQT. Để chuyển ngược lại, dùng MOL2 sang SMILES.