Chuyển SMILES sang InChI
Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES thành mã định danh InChI chuẩn cho cơ sở dữ liệu và công bố. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải xuống.
Chuyển SMILES sang InChI chuẩn để tìm kiếm, lập chỉ mục và công bố.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SMILES | Đầu ra: InChI | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Nội dung lưu trữ | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. | Mã định danh văn bản nhiều lớp tạo từ cấu trúc. InChI chuẩn giống nhau ở mọi chương trình. |
| Tệp hoặc dạng | .smi hoặc văn bản thuần | Văn bản bắt đầu bằng InChI=1S/ |
Giải thích định dạng tệp
SMILES là ký hiệu dòng gọn cho cách liên kết trong phân tử. Nó tiện cho công cụ vẽ, ô tìm kiếm và script.
InChI là Mã định danh Hóa học Quốc tế của IUPAC. Đây là mã định danh nhiều lớp, chuẩn hóa, được thiết kế để trao đổi, lập chỉ mục và so sánh trong cơ sở dữ liệu hóa học.
Dùng SMILES khi cần chuỗi cấu trúc có thể chỉnh sửa. Dùng InChI khi cần mã định danh chuẩn hóa ít phụ thuộc vào cách chuẩn hóa SMILES cụ thể.
Ví dụ và cách đọc đầu ra
SMILES của aspirin CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O được chuyển thành:
InChI=1S/C9H8O4/c1-6(10)13-8-5-3-2-4-7(8)9(11)12/h2-5H,1H3,(H,11,12)
1S: phiên bản 1, InChI chuẩn.C9H8O4: lớp công thức phân tử./c…: lớp liên kết, dùng cách đánh số nguyên tử riêng của InChI./h…: vị trí các hydrogen; dấu ngoặc đánh dấu một hydrogen linh động dùng chung giữa hai oxygen của nhóm carboxylic acid.
Vì sao cùng một phân tử luôn cho cùng một InChI
Nhiều SMILES khác nhau có thể mô tả aspirin, tùy nguyên tử bắt đầu. InChI chuẩn là dạng chính tắc, nên tất cả đều cho cùng chuỗi ở trên. Điều này khiến InChI là lựa chọn tốt để so sánh cấu trúc và kiểm tra trùng lặp.
Hỏi đáp
Có bao gồm lập thể không? Có. @ và @@ trong SMILES trở thành các lớp /t, /m và /s trong InChI. Cần chuỗi ngắn hơn? Dùng SMILES sang InChIKey.
Cập nhật lần cuối: