Chuyển SMILES sang cấu trúc 3D
Tóm tắt: Chuyển SMILES sang cấu trúc 3D tương tác. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.
Dán chuỗi SMILES, tạo cấu trúc 3D bằng thư viện nhẹ 3Dmol.js và tải về ở các định dạng ảnh và cấu trúc phổ biến.
Đầu vào SMILES
Cấu trúc 3D đầu ra
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SMILES | Đầu ra: cấu trúc 3D | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | Cấu trúc 3D |
| Nội dung lưu trữ | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. | Mô hình có tọa độ x, y, z cho mọi nguyên tử, hiển thị dưới dạng khung nhìn xoay được. |
| Tệp hoặc dạng | .smi hoặc văn bản thuần | Trên màn hình, kèm tải tệp |
Giải thích định dạng tệp
SMILES là cách biểu diễn gọn bằng văn bản về sự liên kết trong phân tử. Nó rất phù hợp cho nhập liệu, tìm kiếm và cơ sở dữ liệu, nhưng không trực tiếp lưu cấu dạng 3D cuối cùng.
Định dạng cấu trúc 3D như SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ và X3D lưu tọa độ hoặc hình học để hiển thị. SDF và PDB là định dạng tọa độ hóa học, XYZ là bảng tọa độ nguyên tử đơn giản, còn OBJ/X3D là định dạng mô hình 3D cho trực quan hóa. Dùng công cụ chuyển XYZ / Gaussian sang 2D khi bạn cần chuyển tệp tọa độ ngược lại thành hình vẽ 2D suy diễn. Để dự đoán hình dạng VSEPR, góc liên kết và lai hóa quanh nguyên tử trung tâm, hãy thử công cụ tính hình học phân tử VSEPR.
Tọa độ 3D được tạo ra hữu ích cho trực quan hóa và giảng dạy. Với docking, hóa học lượng tử hoặc hình học đạt chuẩn công bố, hãy kiểm tra trạng thái proton hóa, lập thể, chất lượng cấu dạng và tối ưu hóa bằng trường lực.
Cần hình cho báo cáo? Vẽ cấu trúc hóa học trực tuyến với MolDraw, một lựa chọn thay thế ChemDraw trực tuyến miễn phí.
Cập nhật lần cuối: