Chuyển PDB sang SMILES

Tóm tắt: Chuyển văn bản cấu trúc PDB sang SMILES bằng quy trình phân giải hóa học công khai theo khả năng tốt nhất. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.

Dán văn bản PDB và chuyển sang SMILES bằng bộ phân giải theo khả năng tốt nhất. Với protein lớn, hãy dùng khối PDB chỉ chứa phối tử.

Giải thích định dạng tệp

PDB lưu tọa độ nguyên tử 3D, tên gốc, chuỗi, độ chiếm chỗ, hệ số B và dữ liệu nguyên tố. Định dạng này phổ biến cho protein, phối tử, cấu trúc tinh thể và trực quan hóa phân tử.

SMILES lưu một phân tử dưới dạng một dòng văn bản mô tả liên kết ngắn gọn. Nó phù hợp nhất cho phân tử nhỏ và phối tử, không phải cho đại phân tử protein hoàn chỉnh.

Để có kết quả tốt nhất, hãy chuyển các khối PDB chỉ chứa phối tử. Tệp PDB protein thường chứa nhiều gốc và thiếu thông tin bậc liên kết, nên chuyển trực tiếp PDB sang SMILES có thể không rõ ràng.

Chuyển phối tử PDB sang SMILES

Tệp PDB lưu tọa độ nguyên tử, chủ yếu cho protein và axit nucleic từ tinh thể học, NMR hoặc cryo-EM. Phối tử phân tử nhỏ xuất hiện dưới dạng bản ghi HETATM. Định dạng này thường không ghi rõ bậc liên kết của phối tử, nên việc chuyển tọa độ thành chuỗi SMILES đòi hỏi suy ra liên kết từ khoảng cách nguyên tử và mẫu gốc. Vì vậy kết quả chỉ ở mức tốt nhất có thể.

Để có kết quả tốt

1. Chỉ trích xuất phối tử: sao chép các dòng HETATM của nó (và các dòng CONECT liên quan) thay vì toàn bộ protein.
2. Loại bỏ phân tử nước (tên gốc HOH) và các ion không liên quan.
3. Chuyển đổi rồi kiểm tra SMILES bằng cách vẽ nó với SMILES sang cấu trúc.

Lỗi thường gặp

• Thiếu hydrogen: hầu hết cấu trúc tinh thể bỏ qua hydrogen, nên có thể cần kiểm tra lại bậc liên kết và điện tích.
• Sai bậc liên kết: vòng thơm và nhóm carbonyl có thể bị gán sai khi hình học bị biến dạng; hãy so sánh với mục của phối tử trong PDB Chemical Component Dictionary.
• Cấu dạng thay thế: chỉ giữ một cấu dạng (ví dụ altLoc A) để tránh trùng lặp nguyên tử.

Để xem chính protein, hãy dùng Trình xem protein.