Chuyển SMILES sang PDBQT
Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES sang định dạng PDBQT cho docking phân tử và quy trình kiểu AutoDock. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.
Chuyển SMILES sang PDBQT qua hai bước: tạo tệp PDB 3D từ SMILES, rồi chuyển cấu trúc thành văn bản PDBQT sẵn sàng cho docking.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SMILES | Đầu ra: PDBQT | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (định dạng AutoDock) |
| Nội dung lưu trữ | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. | Tọa độ PDB cùng điện tích từng phần (Q) và kiểu nguyên tử AutoDock (T), kèm dữ liệu liên kết xoắn cho phối tử. |
| Tệp hoặc dạng | .smi hoặc văn bản thuần | .pdbqt |
Quy trình kỹ thuật
- Bước 1: công cụ yêu cầu tọa độ PDB 3D từ một dịch vụ chuyển đổi SMILES công khai.
- Bước 2: các dòng nguyên tử PDB được viết lại thành bản ghi kiểu PDBQT với cột loại nguyên tử và điện tích.
- Dùng công cụ chuyển nhanh này cho bản nháp; khi cần, hãy tinh chỉnh trạng thái proton hóa và góc xoắn trong phần mềm docking.
Giải thích định dạng tệp
SMILES là chuỗi mô tả liên kết ngắn gọn. Nó phù hợp để mô tả nhanh một phối tử, nhưng không chứa loại nguyên tử docking, điện tích, góc xoắn hay tọa độ 3D.
PDBQT là định dạng docking kiểu AutoDock. Nó lưu tọa độ giống PDB cùng các trường điện tích riêng phần và loại nguyên tử AutoDock; tệp phối tử có thể chứa các bản ghi cây xoắn như ROOT, BRANCH, ENDBRANCH và TORSDOF.
Công cụ này tạo bản nháp PDBQT ngay trên trình duyệt. Để docking AutoDock Vina chính thức, hãy kiểm tra lại hydrogen, trạng thái proton hóa, mô hình điện tích, cách gán loại nguyên tử và các liên kết quay được.
Cập nhật lần cuối: