Chuyển SMILES sang SDF

Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES sang định dạng SDF cho sàng lọc và xây dựng bộ dữ liệu. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.

Chuyển SMILES sang SDF cho bộ dữ liệu và quy trình sàng lọc ảo.

Giải thích định dạng tệp

SMILES là cách biểu diễn gọn bằng chuỗi về sự liên kết trong phân tử. Nó tiện cho tìm kiếm và trao đổi, nhưng thường không chứa nhiều siêu dữ liệu.

SDF là định dạng tệp dữ liệu cấu trúc có thể lưu một hoặc nhiều bản ghi phân tử, thường với khối nguyên tử/liên kết kiểu MOL cùng các trường tính chất tùy chọn. SDF phổ biến trong thư viện sàng lọc, bộ dữ liệu hợp chất và quy trình tin học hóa học.

Dùng SDF khi bạn cần một tệp mang cả bản ghi cấu trúc lẫn tính chất hợp chất. Hãy xem lại lập thể và tọa độ được tạo trước khi dùng hàng loạt.

Vì sao dùng SDF

SDF (structure-data file) lưu một hoặc nhiều cấu trúc, mỗi cấu trúc là một bảng kết nối MOL kèm các trường dữ liệu có tên tùy chọn và dấu phân cách $$$$. Đây là cách tiêu chuẩn để chuyển tập hợp chất giữa các công cụ tin học hóa học, hệ thống đăng ký hợp chất và cơ sở dữ liệu, vì các tính chất như mã số, tên hoặc kết quả thử nghiệm có thể đi kèm mỗi cấu trúc.

Cách sử dụng

1. Dán một SMILES, ví dụ paracetamol CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O.
2. Chuyển đổi và tải tệp .sdf.
3. Mở nó trong phần mềm hóa học của bạn, hoặc gộp nhiều tệp đã chuyển thành một thư viện.

Bố cục bản ghi ví dụ

• Các dòng tiêu đề, rồi dòng đếm với số nguyên tử và số liên kết.
• Khối nguyên tử (tọa độ và nguyên tố) và khối liên kết.
• M END, rồi các trường dữ liệu như > <NAME> theo sau là giá trị.
• $$$$ để đóng bản ghi.

Hỏi đáp

SDF khác MOL thế nào? Tệp MOL chứa một cấu trúc; SDF có thể chứa nhiều cấu trúc kèm dữ liệu. Có thể chuyển ngược lại thành mã định danh không? Có, bằng SDF sang InChIKey hoặc SDF sang InChI.