เครื่องมือแปลง SMILES เป็น SDF
สรุปสั้น ๆ: แปลงสตริง SMILES เป็นรูปแบบ SDF สำหรับงานคัดกรองและงานชุดข้อมูล ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด
แปลง SMILES เป็น SDF สำหรับไปป์ไลน์ชุดข้อมูลและการคัดกรองเสมือน
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต: SMILES | เอาต์พุต: SDF | |
|---|---|---|
| ชื่อเต็ม | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| ข้อมูลที่เก็บ | อะตอม พันธะ วง ประจุ และสเตอริโอเคมีในข้อความบรรทัดเดียว ไม่มีพิกัด | ระเบียน MOL หนึ่งระเบียนหรือมากกว่า แต่ละระเบียนอาจมีฟิลด์ข้อมูล คั่นด้วย $$$$ |
| ไฟล์หรือรูปแบบ | .smi หรือข้อความธรรมดา | .sdf |
อธิบายรูปแบบไฟล์
SMILES เป็นสตริงที่แทนการเชื่อมต่อของโมเลกุลแบบกะทัดรัด สะดวกสำหรับการค้นหาและแลกเปลี่ยน แต่โดยทั่วไปไม่มีเมทาดาทาโดยละเอียด
SDF เป็นรูปแบบไฟล์ structure-data ที่เก็บระเบียนโมเลกุลได้หนึ่งหรือหลายระเบียน โดยทั่วไปมีบล็อกอะตอม/พันธะแบบ MOL พร้อมช่องข้อมูลสมบัติเพิ่มเติม (ไม่บังคับ) SDF นิยมใช้ในคลังสำหรับคัดกรอง ชุดข้อมูลสารประกอบ และไปป์ไลน์เคมีสารสนเทศ
ใช้ SDF เมื่อต้องการไฟล์ที่เก็บระเบียนโครงสร้างและสมบัติของสารประกอบไว้ด้วยกัน ตรวจสอบสเตอริโอเคมีและพิกัดที่สร้างขึ้นก่อนนำไปใช้เป็นชุด
ทำไมต้องใช้ SDF
SDF (structure-data file) เก็บโครงสร้างหนึ่งหรือหลายโครงสร้าง แต่ละโครงสร้างเป็นตารางการเชื่อมต่อแบบ MOL ตามด้วยช่องข้อมูลที่มีชื่อ (ไม่บังคับ) และตัวคั่น $$$$ เป็นวิธีมาตรฐานในการย้ายชุดสารประกอบระหว่างเครื่องมือเคมีสารสนเทศ ระบบลงทะเบียนสารประกอบ และฐานข้อมูล เพราะสมบัติ เช่น รหัส ชื่อ หรือผลการทดสอบ ติดไปกับแต่ละโครงสร้างได้
วิธีใช้
- วาง SMILES เช่น พาราเซตามอล
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O - แปลงแล้วดาวน์โหลดไฟล์ .sdf
- เปิดในซอฟต์แวร์เคมีของคุณ หรือรวมไฟล์ที่แปลงแล้วหลายไฟล์เป็นคลังเดียว
ตัวอย่างโครงสร้างของระเบียน
- บรรทัดส่วนหัว ตามด้วยบรรทัดจำนวนที่มีจำนวนอะตอมและพันธะ
- บล็อกอะตอม (พิกัดและธาตุ) และบล็อกพันธะ
M ENDตามด้วยช่องข้อมูลใด ๆ เช่น> <NAME>และค่าของช่องนั้น$$$$เพื่อปิดระเบียน
คำถามพบบ่อย
SDF ต่างจาก MOL อย่างไร? ไฟล์ MOL เก็บหนึ่งโครงสร้าง ส่วน SDF เก็บได้หลายโครงสร้างพร้อมข้อมูล แปลงกลับเป็นตัวระบุได้หรือไม่? ได้ ด้วยSDF เป็น InChIKey หรือSDF เป็น InChI
อัปเดตล่าสุด: