เครื่องมือแปลง SMILES เป็นโครงสร้าง 3 มิติ

สรุปสั้น ๆ: แปลง SMILES เป็นโครงสร้าง 3 มิติแบบอินเทอร์แอคทีฟ ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด

วางสตริง SMILES สร้างโครงสร้าง 3 มิติด้วย 3Dmol.js ที่มีน้ำหนักเบา แล้วดาวน์โหลดในรูปแบบภาพและไฟล์โครงสร้างหลัก ๆ

อธิบายรูปแบบไฟล์

SMILES เป็นการแทนการเชื่อมต่อของโมเลกุลด้วยข้อความแบบกะทัดรัด เหมาะมากสำหรับการป้อนข้อมูล การค้นหา และงานฐานข้อมูล แต่ไม่ได้เก็บคอนฟอร์เมชัน 3 มิติขั้นสุดท้ายไว้โดยตรง

รูปแบบไฟล์โครงสร้าง 3 มิติ เช่น SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ และ X3D เก็บพิกัดหรือเรขาคณิตที่แสดงผลได้ SDF และ PDB เป็นรูปแบบพิกัดทางเคมี XYZ เป็นตารางพิกัดอะตอมอย่างง่าย ส่วน OBJ/X3D เป็นรูปแบบแบบจำลอง 3 มิติสำหรับงานแสดงภาพ ใช้เครื่องมือแปลง XYZ / Gaussian เป็น 2D เมื่อต้องการแปลงไฟล์พิกัดกลับเป็นภาพวาด 2 มิติที่อนุมานขึ้น หากต้องการทำนายรูปร่างตาม VSEPR มุมพันธะ และไฮบริไดเซชันรอบอะตอมกลาง ลองใช้เครื่องคำนวณรูปร่างโมเลกุลตาม VSEPR

พิกัด 3 มิติที่สร้างขึ้นมีประโยชน์สำหรับการแสดงภาพและการสอน สำหรับด็อกกิง เคมีควอนตัม หรือเรขาคณิตคุณภาพระดับตีพิมพ์ ควรตรวจสอบสถานะโปรตอน สเตอริโอเคมี คุณภาพของคอนฟอร์เมอร์ และการปรับให้เหมาะสมด้วยสนามแรง