เครื่องมือแปลง PDB เป็น PDBQT ออนไลน์

สรุปสั้น ๆ: วางข้อความ PDB อัปโหลดไฟล์ .pdb หรือนำเข้าด้วย PDB ID เพื่อสร้างร่าง PDBQT พร้อมคำแนะนำเรื่องชนิดอะตอม AutoDock ประจุ ทอร์ชัน และรูปแบบไฟล์ ใช้งานฟรี ทำงานบนเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องติดตั้งโปรแกรม

วางโครงสร้าง PDB อัปโหลดไฟล์ .pdb หรือนำเข้าโครงสร้างด้วย PDB ID จาก Protein Data Bank แล้วแปลงเป็น PDBQT สำหรับไปป์ไลน์ด็อกกิง เครื่องมือบนเบราว์เซอร์นี้เพิ่มคอลัมน์ธาตุและประจุ/ชนิดอะตอมในรูปแบบ PDBQT เพื่อการเตรียมไฟล์อย่างรวดเร็ว

ข้อควรทราบสำหรับงานด็อกกิง

• เครื่องมือนี้สร้างข้อความ PDBQT ที่ใช้งานได้จริงโดยตรงในเบราว์เซอร์ เพื่อการทดลองต้นแบบอย่างรวดเร็ว
• สำหรับการรันด็อกกิงจริง คุณสามารถปรับสถานะโปรโตเนชันและการกำหนดทอร์ชันเพิ่มเติมได้ในโปรแกรมด็อกกิงของคุณ
• ใช้หน้านี้เป็นเครื่องมือแปลงไฟล์อย่างรวดเร็ว เมื่อคุณต้องการโครงสร้าง PDBQT ฉบับร่างในเวลาสั้น ๆ

วิธีแปลง PDB เป็น PDBQT ออนไลน์

1. วางข้อความ PDB อัปโหลดไฟล์ .pdb ในเครื่อง หรือพิมพ์ PDB ID 4 ตัวอักษร เช่น 1CRN
2. คลิก แปลงเป็น PDBQT เครื่องมือจะคงพิกัด ATOM/HETATM ไว้และเขียนฟิลด์ประจุและชนิดอะตอมของ AutoDock ในรูปแบบ PDBQT
3. คัดลอกหรือดาวน์โหลดไฟล์ .pdbqt ที่สร้างขึ้นเพื่อใช้เตรียมด็อกกิง ตรวจสอบอย่างรวดเร็ว หรือใช้เป็นตัวอย่างในการสอน
4. ก่อนรันด็อกกิงจริง ให้ตรวจสอบไฮโดรเจน โปรโตเนชัน ประจุ ชนิดอะตอม พันธะที่ยืดหยุ่น และการทำความสะอาดรีเซพเตอร์ในขั้นตอนงานด็อกกิงของคุณ

PDB เทียบกับ PDBQT

PDB เป็นรูปแบบพิกัดทั่วไปทางชีววิทยาโครงสร้าง ส่วน PDBQT นิยมใช้ในเครื่องมือด็อกกิงแบบ AutoDock เพราะมีข้อมูลชนิดอะตอมและประจุย่อยที่จำเป็นในการคำนวณด็อกกิง

เครื่องมือด็อกกิงและโครงสร้างที่เกี่ยวข้อง

อธิบายรูปแบบ PDBQT

ไฟล์ PDBQT ดูคล้ายไฟล์ PDB แต่เครื่องมือด็อกกิงจะอ่านฟิลด์เพิ่มเติมที่อยู่ใกล้ท้ายบรรทัดของแต่ละอะตอม ส่วน Q หมายถึงประจุย่อย และส่วน T หมายถึงชนิดอะตอมของ AutoDock

ATOM      1  N   ALA A   1      11.104  13.207   9.142  1.00 20.00    -0.346  N
ATOM      2  CA  ALA A   1      12.560  13.320   9.420  1.00 20.00     0.186  C
HETATM    3  O   LIG L   1      10.440  11.980   8.500  1.00 20.00    -0.508 OA

รายการตรวจสอบ PDBQT สำหรับ AutoDock Vina

ใช้รายการตรวจสอบนี้เมื่อเตรียมไฟล์ PDBQT สำหรับ AutoDock, AutoDock Vina หรืองานด็อกกิงที่เกี่ยวข้อง

• ทำความสะอาด PDB: ลบโมเลกุลน้ำที่ไม่เกี่ยวข้อง สายที่ซ้ำกัน คอนฟอร์เมชันทางเลือก และลิแกนด์ที่ไม่ใช่เป้าหมาย เว้นแต่จำเป็นต้องใช้
• เติมไฮโดรเจน: คะแนนด็อกกิงไวต่อตำแหน่งของไฮโดรเจน โดยเฉพาะไฮโดรเจนที่มีขั้วและตัวให้พันธะไฮโดรเจน
• ตรวจสอบโปรโตเนชัน: เลือกสถานะโปรโตเนชันที่คาดว่าจะเกิดขึ้นที่ pH ของการทดสอบหรือภาวะทางชีวภาพของคุณ
• กำหนดประจุ: ใช้ขั้นตอนเตรียมด็อกกิงเพื่อกำหนดประจุย่อยที่สมจริงก่อนด็อกกิงขั้นสุดท้าย
• ตรวจสอบชนิดอะตอม: โลหะ แฮโลเจน กำมะถัน ฟอสฟอรัส และอะตอมที่มีประจุ อาจต้องกำหนดชนิดอะตอมอย่างระมัดระวัง
• จัดการทอร์ชัน: ไฟล์ PDBQT ของลิแกนด์ควรกำหนดพันธะที่หมุนได้อย่างถูกต้อง ส่วนไฟล์รีเซพเตอร์มักเป็นแบบแข็ง (rigid) เว้นแต่จะเตรียมสายข้างที่ยืดหยุ่นแยกต่างหาก
• ตรวจสอบผลลัพธ์: เปิดไฟล์ PDBQT ในเครื่องมือด็อกกิงหรือโปรแกรมแสดงภาพก่อนเริ่มงานแบบแบตช์ที่ใช้เวลานาน

PDBQT เป็น PDB: เกิดอะไรขึ้นเมื่อแปลงย้อนกลับ?

การค้นหาอย่าง โปรแกรมแปลง PDBQT เป็น PDB มักหมายความว่าผู้ใช้ต้องการไฟล์พิกัดแบบง่ายสำหรับดูโครงสร้าง ไฟล์ PDBQT มักลดรูปกลับเป็นระเบียน ATOM/HETATM แบบ PDB ได้โดยการลบข้อมูลประจุ ชนิดอะตอม และทอร์ชันทรีออก อย่างไรก็ตาม PDB ไม่สามารถเก็บระเบียนเฉพาะของ AutoDock เช่น ROOT, BRANCH, ENDBRANCH และ TORSDOF ได้

คำถามที่พบบ่อย

PDBQT เหมือนกับ PDB หรือไม่?

ไม่ PDB เป็นรูปแบบพิกัดทั่วไป ส่วน PDBQT เป็นรูปแบบสำหรับด็อกกิงที่เพิ่มฟิลด์ประจุย่อยและชนิดอะตอมของ AutoDock และอาจมีข้อมูลทอร์ชันทรีสำหรับลิแกนด์ที่ยืดหยุ่น

ทำไม AutoDock และ Vina จึงต้องใช้ PDBQT?

โปรแกรมด็อกกิงต้องใช้ข้อมูลชนิดอะตอมและประจุในการให้คะแนนและประเมินอันตรกิริยา ไฟล์ PDB เพียงอย่างเดียวมักมีข้อมูลเฉพาะสำหรับด็อกกิงไม่เพียงพอ

เครื่องมือนี้คำนวณประจุ Gasteiger จริงหรือไม่?

ไม่ หน้านี้สร้างร่าง PDBQT อย่างรวดเร็วบนเบราว์เซอร์โดยใช้ฟิลด์ประจุแบบเป็นกลาง ให้ใช้ขั้นตอนเตรียมด็อกกิงแบบเต็มรูปแบบสำหรับการกำหนดประจุขั้นสุดท้าย

นำเข้าจาก Protein Data Bank โดยตรงได้หรือไม่?

ได้ ป้อน PDB ID 4 ตัวอักษร เช่น 1CRN แล้วเครื่องมือจะนำเข้าไฟล์ PDB จาก RCSB ก่อนสร้างร่าง PDBQT