เครื่องมือแปลง SMILES เป็น PDBQT

สรุปสั้น ๆ: แปลงสตริง SMILES เป็นรูปแบบ PDBQT สำหรับการด็อกกิงโมเลกุลและงานแบบ AutoDock ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด

แปลง SMILES เป็น PDBQT ในสองขั้นตอน: สร้าง PDB แบบ 3 มิติจาก SMILES แล้วแปลงโครงสร้างเป็นข้อความ PDBQT ที่พร้อมใช้สำหรับงานด็อกกิง

ขั้นตอนทางเทคนิค

• ขั้นที่ 1: เครื่องมือขอพิกัด PDB แบบ 3 มิติจากบริการแปลง SMILES สาธารณะ
• ขั้นที่ 2: บรรทัดอะตอมของ PDB ถูกเขียนใหม่เป็นระเบียนแบบ PDBQT พร้อมคอลัมน์ชนิดอะตอมและประจุ
• ใช้เครื่องมือแปลงแบบรวดเร็วนี้สำหรับฉบับร่าง และปรับการตั้งค่าสถานะโปรตอนและทอร์ชันในโปรแกรมด็อกกิงเมื่อจำเป็น

อธิบายรูปแบบไฟล์

SMILES เป็นสตริงการเชื่อมต่อแบบกะทัดรัด เหมาะสำหรับอธิบายลิแกนด์อย่างรวดเร็ว แต่ไม่มีชนิดอะตอมสำหรับด็อกกิง ประจุ ทอร์ชัน หรือพิกัด 3 มิติ

PDBQT เป็นรูปแบบไฟล์ด็อกกิงแบบ AutoDock เก็บพิกัดแบบ PDB พร้อมฟิลด์ประจุย่อยและชนิดอะตอมของ AutoDock และไฟล์ลิแกนด์อาจมีระเบียนต้นไม้ทอร์ชัน เช่น ROOT, BRANCH, ENDBRANCH และ TORSDOF

เครื่องมือนี้สร้างฉบับร่าง PDBQT ในเบราว์เซอร์ สำหรับการด็อกกิงจริงด้วย AutoDock Vina ให้ตรวจสอบไฮโดรเจน สถานะโปรตอน แบบจำลองประจุ การกำหนดชนิดอะตอม และพันธะที่หมุนได้