เครื่องมือแปลง SMILES เป็น MOL2

สรุปสั้น ๆ: แปลงสตริง SMILES เป็นรูปแบบ MOL2 สำหรับงานด็อกกิงและเคมีทางยา ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด

แปลงสตริง SMILES เป็นรูปแบบ MOL2 เพื่อใช้กับงานด็อกกิงและไปป์ไลน์

อธิบายรูปแบบไฟล์

SMILES เก็บการเชื่อมต่อของโมเลกุลในข้อความบรรทัดสั้น ๆ มีประโยชน์เป็นตัวระบุ แต่ไม่มีข้อมูลชนิดอะตอมแบบ Tripos หรือส่วนต่าง ๆ ของโมเลกุล

MOL2 คือรูปแบบ Tripos Mol2 เก็บอะตอม พันธะ โครงสร้างย่อย ชนิดอะตอม พิกัด และประจุได้ จึงมีประโยชน์ในงานด็อกกิง การสร้างแบบจำลองโมเลกุล และเคมีทางยา

ใช้ MOL2 เมื่อเครื่องมือด็อกกิงหรือสร้างแบบจำลองต้องการชนิดอะตอมแบบ Tripos หรือฟิลด์ประจุ ตรวจสอบสถานะโปรตอน ประจุ และพิกัดที่สร้างขึ้นก่อนทำด็อกกิงจริง

เมื่อใดที่ต้องใช้ MOL2

MOL2 เป็นรูปแบบอินพุตทั่วไปสำหรับด็อกกิง การคัดกรองเสมือน และกลศาสตร์โมเลกุล นอกจากพิกัดแล้วยังเก็บชนิดอะตอม SYBYL และประจุย่อย ซึ่งโปรแกรมสร้างแบบจำลองหลายโปรแกรมต้องใช้ การแปลงสตริง SMILES เป็น MOL2 เป็นวิธีเตรียมลิแกนด์อย่างรวดเร็วเมื่อคุณมีโครงสร้างเป็นข้อความเท่านั้น

วิธีใช้

1. วาง SMILES ของลิแกนด์ เช่น ไอบูโพรเฟน CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O
2. แปลงแล้วดาวน์โหลดไฟล์ .mol2
3. เปิดในโปรแกรมสร้างแบบจำลองหรือโปรแกรมด็อกกิงของคุณ

ก่อนทำด็อกกิง

• สถานะโปรตอน: กำหนดสถานะประจุที่เหมาะสมกับ pH เป้าหมาย กรดคาร์บอกซิลิกอย่างไอบูโพรเฟนส่วนใหญ่สูญเสียโปรตอนที่ pH 7.4
• สเตอริโอเคมี: ระบุ @ หรือ @@ ใน SMILES สำหรับศูนย์ไครัล มิฉะนั้นรูปทรงที่สร้างขึ้นอาจเลือกแบบใดแบบหนึ่งโดยพลการ
• รูปทรง: พิกัด 3 มิติที่สร้างขึ้นเป็นคอนฟอร์เมอร์เริ่มต้น โดยทั่วไปแนะนำให้ลดพลังงาน (energy minimisation) ในโปรแกรมสร้างแบบจำลองของคุณ

สำหรับโปรแกรมด็อกกิงที่ต้องใช้ PDBQT ดูSMILES เป็น PDBQT หากต้องการแปลงกลับ ใช้MOL2 เป็น SMILES