เครื่องมือแปลง PDB เป็น SMILES
สรุปสั้น ๆ: แปลงข้อความโครงสร้าง PDB เป็น SMILES ด้วยบริการแปลงข้อมูลเคมีสาธารณะอย่างดีที่สุดเท่าที่ทำได้ ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด
วางข้อความ PDB แล้วแปลงเป็น SMILES ด้วยบริการแปลงอย่างดีที่สุดเท่าที่ทำได้ สำหรับโปรตีนขนาดใหญ่ ให้ใช้บล็อก PDB ที่มีเฉพาะลิแกนด์
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต: PDB | เอาต์พุต: SMILES | |
|---|---|---|
| ชื่อเต็ม | PDB (รูปแบบ Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| ข้อมูลที่เก็บ | พิกัดอะตอม 3 มิติในคอลัมน์คงที่ ใช้กับโปรตีนและโมเลกุลขนาดเล็ก | อะตอม พันธะ วง ประจุ และสเตอริโอเคมีในข้อความบรรทัดเดียว ไม่มีพิกัด |
| ไฟล์หรือรูปแบบ | .pdb | .smi หรือข้อความธรรมดา |
อธิบายรูปแบบไฟล์
PDB เก็บพิกัดอะตอม 3 มิติ ชื่อหน่วยย่อย สาย ค่า occupancy ค่า B-factor และข้อมูลธาตุ ใช้ทั่วไปกับโปรตีน ลิแกนด์ โครงสร้างผลึก และการแสดงภาพโมเลกุล
SMILES เก็บโมเลกุลเป็นข้อความการเชื่อมต่อแบบบรรทัดเดียวที่กะทัดรัด เหมาะที่สุดสำหรับโมเลกุลขนาดเล็กและลิแกนด์ ไม่เหมาะกับโปรตีนซึ่งเป็นโมเลกุลขนาดใหญ่ทั้งโมเลกุล
เพื่อผลลัพธ์ที่ดีที่สุด ให้แปลงบล็อก PDB ที่มีเฉพาะลิแกนด์ ไฟล์ PDB ของโปรตีนมักมีหน่วยย่อยจำนวนมากและขาดข้อมูลอันดับพันธะ การแปลง PDB เป็น SMILES โดยตรงจึงอาจกำกวม
การแปลงลิแกนด์ใน PDB เป็น SMILES
ไฟล์ PDB เก็บพิกัดอะตอม ส่วนใหญ่ของโปรตีนและกรดนิวคลีอิกจากผลึกศาสตร์ NMR หรือ cryo-EM ลิแกนด์โมเลกุลเล็กปรากฏเป็นระเบียน HETATM รูปแบบนี้มักไม่ระบุอันดับพันธะของลิแกนด์อย่างชัดเจน การแปลงพิกัดเป็นสตริง SMILES จึงต้องอนุมานพันธะจากระยะห่างระหว่างอะตอมและแม่แบบของหน่วยย่อย ผลลัพธ์จึงเป็นแบบดีที่สุดเท่าที่ทำได้
การได้ผลลัพธ์ที่ดี
- แยกเฉพาะลิแกนด์: คัดลอกบรรทัด HETATM ของลิแกนด์ (และบรรทัด CONECT ที่เกี่ยวข้อง) แทนการคัดลอกโปรตีนทั้งหมด
- ลบโมเลกุลน้ำ (ชื่อหน่วยย่อย HOH) และไอออนที่ไม่เกี่ยวข้องออก
- แปลงแล้วตรวจสอบ SMILES โดยวาดด้วยSMILES เป็นโครงสร้าง
ปัญหาที่พบบ่อย
- ไม่มีไฮโดรเจน: โครงสร้างผลึกส่วนใหญ่ไม่ระบุไฮโดรเจน จึงอาจต้องตรวจสอบอันดับพันธะและประจุ
- อันดับพันธะผิด: วงอะโรมาติกและคาร์บอนิลอาจถูกกำหนดผิดเมื่อรูปทรงบิดเบี้ยว ให้เปรียบเทียบกับรายการของลิแกนด์ใน PDB Chemical Component Dictionary
- คอนฟอร์เมชันทางเลือก: เก็บไว้เพียงแบบเดียว (เช่น altLoc A) เพื่อหลีกเลี่ยงอะตอมซ้ำ
หากต้องการดูโปรตีน ใช้โปรแกรมดูโปรตีน
อัปเดตล่าสุด: