Конвертер SMILES в MOL2
Кратко: преобразуйте строки SMILES в формат MOL2 для докинга и медицинской химии. Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Преобразуйте строки SMILES в формат MOL2 для докинга и совместимости с конвейерами обработки.
Входной и выходной форматы
| Вход: SMILES | Выход: MOL2 | |
|---|---|---|
| Полное название | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Что содержит | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимию в одной строке текста. Без координат. | 3D-координаты, связи, типы атомов и частичные заряды. |
| Файл или форма | .smi или обычный текст | .mol2 |
Описание форматов файлов
SMILES хранит связность молекулы в короткой строке текста. Он удобен как идентификатор, но не содержит типов атомов Tripos и разделов молекулы.
MOL2 — формат Tripos Mol2. Он может хранить атомы, связи, подструктуры, типы атомов, координаты и заряды, поэтому полезен в докинге, молекулярном моделировании и медицинской химии.
Используйте MOL2, когда программа для докинга или моделирования ожидает типы атомов Tripos или поля зарядов. Перед рабочим докингом проверьте протонирование, заряды и сгенерированные координаты.
Когда нужен MOL2
MOL2 — распространённый входной формат для докинга, виртуального скрининга и молекулярной механики. Помимо координат, он хранит типы атомов SYBYL и частичные заряды, на которые опираются многие программы моделирования. Преобразование строки SMILES в MOL2 — быстрый способ подготовить лиганд, если его структура известна только в виде текста.
Как пользоваться
- Вставьте SMILES вашего лиганда, например ибупрофена
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Преобразуйте и скачайте файл .mol2.
- Откройте его в программе для моделирования или докинга.
Перед докингом
- Протонирование: решите, какое зарядовое состояние актуально при pH вашей мишени. Карбоновая кислота, например ибупрофен, при pH 7,4 в основном депротонирована.
- Стереохимия: указывайте @ или @@ в SMILES для хиральных центров; иначе генерируемая геометрия может выбрать конфигурацию произвольно.
- Геометрия: сгенерированные 3D-координаты — лишь исходный конформер; обычно рекомендуется минимизация энергии в вашей программе моделирования.
Для программ докинга, которым нужен PDBQT, см. SMILES в PDBQT. Для обратного преобразования используйте MOL2 в SMILES.
Последнее обновление: