Конвертер SMILES в 3D-структуру
Коротко: преобразуйте SMILES в интерактивную 3D-структуру. Бесплатно, работает в браузере и не требует установки.
Вставьте строку SMILES, создайте 3D-структуру с помощью лёгкой библиотеки 3Dmol.js и скачайте её в основных форматах изображений и структур.
Ввод SMILES
Вывод 3D-структуры
Входной и выходной форматы
| Вход: SMILES | Выход: 3D-структура | |
|---|---|---|
| Полное название | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | 3D-структура |
| Что содержит | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимия в одной строке текста. Без координат. | Модель с координатами x, y, z для каждого атома, показанная в виде вращаемого изображения. |
| Файл или форма | .smi или обычный текст | На экране, со скачиванием файлов |
Объяснение форматов файлов
SMILES — компактное текстовое представление связности молекулы. Он отлично подходит для ввода, поиска и работы с базами данных, но не хранит напрямую итоговую 3D-конформацию.
Форматы 3D-структур, такие как SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ и X3D, хранят координаты или геометрию для отображения. SDF и PDB — химические форматы координат, XYZ — простая таблица координат атомов, а OBJ/X3D — форматы 3D-моделей для визуализации. Используйте конвертер XYZ / Gaussian в 2D, когда нужно превратить файлы координат обратно в 2D-рисунок с определёнными связями. Чтобы предсказать форму по VSEPR, валентные углы и гибридизацию центрального атома, попробуйте калькулятор геометрии молекул по VSEPR.
Созданные 3D-координаты полезны для визуализации и обучения. Для докинга, квантовой химии или геометрии публикационного качества проверьте протонирование, стереохимию, качество конформера и оптимизацию в силовом поле.
Нужен рисунок для отчёта? Рисуйте химические структуры онлайн в MolDraw — бесплатной онлайн-альтернативе ChemDraw.
Последнее обновление: