Конвертер SMILES в PDBQT
Кратко: преобразуйте строку SMILES в формат PDBQT для молекулярного докинга и задач в стиле AutoDock. Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Преобразуйте SMILES в PDBQT в два шага: сначала по SMILES строится 3D-структура PDB, затем она переводится в текст PDBQT, готовый к докингу.
Входной и выходной форматы
| Вход: SMILES | Выход: PDBQT | |
|---|---|---|
| Полное название | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (формат AutoDock) |
| Что содержит | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимию в одной строке текста. Без координат. | Координаты PDB плюс частичные заряды (Q) и типы атомов AutoDock (T), с данными о торсионах для лигандов. |
| Файл или форма | .smi или обычный текст | .pdbqt |
Как это работает
- Шаг 1: инструмент запрашивает 3D-координаты PDB у открытого сервиса преобразования SMILES.
- Шаг 2: строки атомов PDB переписываются в записи PDBQT со столбцами типа атома и заряда.
- Используйте этот быстрый конвертер для черновиков; при необходимости уточните протонирование и торсионные параметры в программе докинга.
Описание форматов файлов
SMILES — компактная строка связности. Она удобна для быстрого описания лиганда, но не содержит типов атомов для докинга, зарядов, торсионов и 3D-координат.
PDBQT — формат докинга в стиле AutoDock. Он хранит координаты как в PDB плюс поля частичного заряда и типа атома AutoDock, а файлы лигандов могут содержать записи дерева торсионов, например ROOT, BRANCH, ENDBRANCH и TORSDOF.
Этот конвертер создаёт черновой PDBQT прямо в браузере. Для рабочего докинга в AutoDock Vina проверьте атомы водорода, протонирование, модель зарядов, типизацию атомов и вращающиеся связи.
Последнее обновление: