Конвертер SMILES в SDF
Коротко: преобразуйте строки SMILES в формат SDF для скрининга и работы с наборами данных. Бесплатно, работает в браузере и не требует установки.
Преобразуйте SMILES в SDF для наборов данных и виртуального скрининга.
Входной и выходной форматы
| Вход: SMILES | Выход: SDF | |
|---|---|---|
| Полное название | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Что содержит | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимия в одной строке текста. Без координат. | Одна или несколько записей MOL, каждая с необязательными полями данных, разделённые $$$$. |
| Файл или форма | .smi или обычный текст | .sdf |
Объяснение форматов файлов
SMILES — компактное строковое представление связности молекулы. Он удобен для поиска и обмена, но обычно не содержит богатых метаданных.
SDF — формат structure-data file, который может хранить одну или много записей молекул, обычно с блоками атомов/связей в стиле MOL и необязательными полями свойств. SDF распространён в библиотеках для скрининга, наборах данных соединений и хемоинформатических конвейерах.
Используйте SDF, когда нужен файл, в котором структуры и свойства соединений хранятся вместе. Перед пакетной обработкой проверьте стереохимию и созданные координаты.
Зачем нужен SDF
SDF (structure-data file) хранит одну или несколько структур, каждую в виде таблицы связей MOL, за которой следуют необязательные именованные поля данных и разделитель $$$$. Это стандартный способ переносить наборы соединений между хемоинформатическими инструментами, системами регистрации соединений и базами данных, поскольку свойства — идентификаторы, названия или результаты анализов — передаются вместе с каждой структурой.
Как пользоваться
- Вставьте SMILES, например парацетамол
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Преобразуйте и скачайте файл .sdf.
- Откройте его в своей химической программе или объедините несколько преобразованных файлов в одну библиотеку.
Пример структуры записи
- Строки заголовка, затем строка счётчиков с числом атомов и связей.
- Блок атомов (координаты и элементы) и блок связей.
M END, затем любые поля данных, например> <NAME>со значением.$$$$, закрывающий запись.
Вопросы и ответы
Чем SDF отличается от MOL? Файл MOL содержит одну структуру, а SDF — много, вместе с данными. Можно ли вернуться к идентификаторам? Да, с помощью SDF в InChIKey или SDF в InChI.
Последнее обновление: