Конвертер PDB в SMILES
Кратко: преобразуйте текст структуры PDB в SMILES с помощью открытого химического сервиса распознавания (по возможности). Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Вставьте текст PDB и преобразуйте его в SMILES с помощью сервиса распознавания (результат не гарантирован). Для крупных белков используйте блоки PDB только с лигандом.
Входной и выходной форматы
| Вход: PDB | Выход: SMILES | |
|---|---|---|
| Полное название | PDB (формат Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Что содержит | 3D-координаты атомов в фиксированных столбцах. Используется для белков и малых молекул. | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимию в одной строке текста. Без координат. |
| Файл или форма | .pdb | .smi или обычный текст |
Описание форматов файлов
PDB хранит 3D-координаты атомов, названия остатков, цепи, заселённость, B-фактор и данные об элементах. Он распространён для белков, лигандов, кристаллических структур и визуализации молекул.
SMILES хранит молекулу в виде компактной строки связности. Он лучше всего подходит для малых молекул и лигандов, а не для целых белковых макромолекул.
Для лучших результатов преобразуйте блоки PDB только с лигандом. Файлы PDB белков часто содержат много остатков и не содержат информации о порядках связей, поэтому прямое преобразование PDB в SMILES может быть неоднозначным.
Преобразование лигандов из PDB в SMILES
Файлы PDB хранят координаты атомов, в основном белков и нуклеиновых кислот, полученных методами кристаллографии, ЯМР или криоэлектронной микроскопии. Лиганды — малые молекулы — записываются как строки HETATM. В формате часто нет явных порядков связей для лигандов, поэтому при переводе координат в строку SMILES связи приходится выводить по межатомным расстояниям и шаблонам остатков. Поэтому результат не гарантирован.
Как получить хороший результат
- Извлеките только лиганд: скопируйте его строки HETATM (и относящиеся к нему строки CONECT), а не весь белок.
- Удалите молекулы воды (остаток HOH) и посторонние ионы.
- Преобразуйте и проверьте SMILES, нарисовав его с помощью SMILES в структуру.
Частые проблемы
- Отсутствие атомов водорода: в большинстве кристаллических структур атомы водорода не указаны, поэтому порядки связей и заряды может понадобиться проверить.
- Неверные порядки связей: ароматические кольца и карбонильные группы могут быть распознаны неправильно при искажённой геометрии; сверьтесь с записью лиганда в PDB Chemical Component Dictionary.
- Альтернативные конформации: оставьте только одну (например, altLoc A), чтобы избежать дублирования атомов.
Чтобы посмотреть сам белок, используйте просмотр белков.
Последнее обновление: