Конвертер SMILES в InChI
Коротко: преобразуйте строки SMILES в стандартные идентификаторы InChI для баз данных и публикаций. Бесплатно, работает в браузере и не требует загрузки.
Преобразуйте SMILES в стандартный InChI для поиска, индексирования и публикаций.
Входной и выходной форматы
| Вход: SMILES | Выход: InChI | |
|---|---|---|
| Полное название | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Что содержит | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимию в одной строке текста. Без координат. | Многослойный текстовый идентификатор, построенный по структуре. Стандартный InChI одинаков во всех программах. |
| Файл или форма | .smi или обычный текст | Текст, начинающийся с InChI=1S/ |
Описание форматов файлов
SMILES — компактная линейная нотация связности молекулы. Она удобна для программ рисования, полей поиска и скриптов.
InChI — Международный химический идентификатор IUPAC. Это многослойный стандартизированный идентификатор, созданный для обмена данными между химическими базами, индексирования и сравнения.
Используйте SMILES, когда нужна редактируемая строка структуры. Используйте InChI, когда нужен стандартизированный идентификатор, меньше зависящий от конкретного способа канонизации SMILES.
Пример и разбор вывода
SMILES аспирина CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O преобразуется в:
InChI=1S/C9H8O4/c1-6(10)13-8-5-3-2-4-7(8)9(11)12/h2-5H,1H3,(H,11,12)
1S: версия 1, стандартный InChI.C9H8O4: слой молекулярной формулы./c…: слой связности с собственной нумерацией атомов InChI./h…: положение атомов водорода; скобки обозначают подвижный водород, общий для двух атомов кислорода карбоксильной группы.
Почему одна и та же молекула всегда даёт один и тот же InChI
Аспирин можно описать несколькими разными SMILES в зависимости от того, с какого атома начать. Стандартный InChI каноничен, поэтому все они дают одну и ту же строку выше. Это делает InChI удобным для сравнения структур и поиска дубликатов.
Вопросы и ответы
Учитывается ли стереохимия? Да. @ и @@ в SMILES превращаются в слои /t, /m и /s в InChI. Нужно что-то короче? Используйте SMILES в InChIKey.
Последнее обновление: