Конвертер PDB в PDBQT онлайн
Коротко: вставьте текст PDB, загрузите файл .pdb или импортируйте по PDB ID, чтобы получить черновик PDBQT с типами атомов AutoDock, зарядами, торсиями и пояснениями к формату. Бесплатно, работает в браузере и не требует установки.
Вставьте структуру PDB, загрузите файл .pdb или импортируйте структуру по PDB ID из Protein Data Bank, а затем преобразуйте её в PDBQT для процессов докинга. Этот браузерный инструмент добавляет столбцы элемента и заряда/типа в разметке PDBQT для быстрой подготовки.
Ввод PDB
Вставьте текст PDB, загрузите локальный файл PDB или введите 4-символьный PDB ID.
Вывод PDBQT
Входной и выходной форматы
| Вход: PDB | Выход: PDBQT | |
|---|---|---|
| Полное название | PDB (формат Protein Data Bank) | PDBQT (формат AutoDock) |
| Что содержит | Трёхмерные координаты атомов в фиксированных столбцах. Используется для белков и малых молекул. | Координаты PDB плюс частичные заряды (Q) и типы атомов AutoDock (T), с данными о торсиях для лигандов. |
| Файл или форма | .pdb | .pdbqt |
Заметки о процессах докинга
- Этот инструмент создаёт практичную текстовую разметку PDBQT прямо в браузере для быстрого прототипирования.
- Для полноценных расчётов докинга можно дополнительно уточнить состояние протонирования и определения торсий в вашем пакете для докинга.
- Используйте эту страницу как утилиту для быстрого преобразования, когда нужен черновик структуры PDBQT.
Как преобразовать PDB в PDBQT онлайн
- Вставьте текст PDB, загрузите локальный файл .pdb или введите 4-символьный PDB ID, например 1CRN.
- Нажмите Преобразовать в PDBQT. Конвертер сохраняет координаты ATOM/HETATM и записывает поля заряда и типа атома AutoDock в стиле PDBQT.
- Скопируйте или скачайте созданный файл .pdbqt для подготовки к докингу, быстрых проверок или учебных примеров.
- Перед настоящим расчётом докинга проверьте атомы водорода, протонирование, заряды, типы атомов, гибкие связи и очистку рецептора.
PDB и PDBQT
PDB — общий формат координат структурной биологии. PDBQT обычно используется инструментами докинга типа AutoDock, потому что он содержит типизацию атомов и частичные заряды, нужные для расчётов докинга.
| Формат | Что хранит | Типичное применение |
|---|---|---|
| PDB | Имена атомов, имена остатков, цепи, координаты, заселённость, B-фактор и символы элементов. | Структуры белков, лиганды, файлы кристаллографии, визуализация и обмен данными в структурной биологии. |
| PDBQ | Координаты типа PDB плюс частичные заряды. | Старые процессы подготовки к докингу, где нужен заряд, но тип атома AutoDock не хранится, как в PDBQT. |
| PDBQT | Координаты типа PDB плюс поля частичного заряда и типа атома AutoDock. Лиганды могут содержать записи дерева торсий. | AutoDock, AutoDock Vina, процессы докинга, подготовка лигандов и рецепторов, учебные материалы по докингу. |
Похожие инструменты для докинга и структур
Формат PDBQT: объяснение
Файл PDBQT похож на файл PDB, но программы докинга читают дополнительные поля в конце каждой строки атома. Часть Q обозначает частичный заряд, а часть T — тип атома AutoDock.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Типы атомов
Типы атомов AutoDock, такие как C, N, OA, SA, HD, Cl и Zn, сообщают программе докинга, как интерпретировать каждый атом при оценке.
Заряды
PDBQT хранит частичные заряды. Этот быстрый браузерный конвертер записывает нейтральное черновое поле заряда, поэтому для полноценного докинга заряды всё равно нужно назначить специальным инструментом подготовки.
Торсии
Файлы PDBQT гибких лигандов могут содержать записи ROOT, BRANCH, ENDBRANCH и TORSDOF, описывающие вращаемые связи и торсионные степени свободы.
Рецепторы и лиганды
Подготовка PDBQT рецептора обычно сводится к очистке, добавлению водородов, зарядам и типам атомов. Для PDBQT лиганда также нужно обработать вращаемые связи и дерево торсий.
Чек-лист PDBQT для AutoDock Vina
Используйте этот чек-лист при подготовке файлов PDBQT для AutoDock, AutoDock Vina и связанных процессов докинга.
- Очистите PDB: удалите ненужные молекулы воды, дублированные цепи, альтернативные конформации и посторонние лиганды, если они не нужны.
- Добавьте водороды: оценки докинга чувствительны к расположению водородов, особенно полярных водородов и доноров водородной связи.
- Проверьте протонирование: выберите состояние протонирования, ожидаемое при pH эксперимента или в биологических условиях.
- Назначьте заряды: перед итоговым докингом используйте процесс подготовки с реалистичными частичными зарядами.
- Проверьте типы атомов: металлам, галогенам, сере, фосфору и заряженным атомам может потребоваться тщательная типизация.
- Обработайте торсии: в файлах PDBQT лигандов вращаемые связи должны быть заданы правильно; файлы рецепторов обычно жёсткие, если гибкие боковые цепи не подготовлены отдельно.
- Проверьте результат: откройте PDBQT в программе для докинга или визуализации перед запуском длительного пакетного задания.
PDBQT в PDB: что происходит при обратном преобразовании?
Запросы вроде конвертер PDBQT в PDB обычно означают, что нужен простой файл координат для просмотра. Файл PDBQT часто можно свести обратно к записям ATOM/HETATM типа PDB, удалив заряды, типы атомов и метаданные дерева торсий. Однако PDB не может сохранить специфичные для AutoDock записи, такие как ROOT, BRANCH, ENDBRANCH и TORSDOF.
Частые вопросы
PDBQT — это то же самое, что PDB?
Нет. PDB — общий формат координат. PDBQT — формат для докинга, который добавляет поля частичного заряда и типа атома AutoDock и может содержать дерево торсий для гибких лигандов.
Зачем AutoDock и Vina нужен PDBQT?
Программам докинга нужны типы атомов и заряды для оценки и расчёта взаимодействий. Одного PDB обычно недостаточно: в нём нет нужной для докинга информации.
Рассчитывает ли инструмент настоящие заряды Гастайгера?
Нет. Эта страница создаёт в браузере быстрый черновик PDBQT с нейтральным полем заряда. Для окончательного назначения зарядов используйте полноценный процесс подготовки к докингу.
Можно ли импортировать напрямую из Protein Data Bank?
Да. Введите 4-символьный PDB ID, например 1CRN, и инструмент импортирует файл PDB из RCSB, а затем создаст черновик PDBQT.
Последнее обновление: