Przeglądarka białek

W skrócie: wczytuj struktury PDB po identyfikatorze lub z pliku, przeglądaj sekwencje aminokwasów, nadawaj style poszczególnym łańcuchom i zaznaczonym fragmentom sekwencji. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga pobierania.

Wczytuj białka po identyfikatorze PDB lub prześlij plik `.pdb`, przeglądaj sekwencję aminokwasów, nadawaj style poszczególnym łańcuchom i kliknij prawym przyciskiem zaznaczony fragment sekwencji, aby zmienić jego styl lub go ukryć.

Badanie struktury białka

Protein Data Bank (PDB) gromadzi wyznaczone doświadczalnie struktury 3D białek, kwasów nukleinowych i ich kompleksów. Każdy wpis ma czteroznakowy identyfikator, np. 1CRN dla krambiny – małego białka roślinnego często używanego w przykładach – lub 4HHB dla ludzkiej deoksyhemoglobiny.

Wybór stylu wyświetlania

• Wstążkowy: pokazuje strukturę drugorzędową – helisy jako wstęgi lub spirale, a nici β jako strzałki. Najlepszy do oglądania ogólnego zwinięcia łańcucha.
• Pręcikowy: pokazuje poszczególne wiązania. Najlepszy do łańcuchów bocznych, ligandów i centrów aktywnych.
• Czaszowy: atomy wypełniające przestrzeń, pokazujące kształt i upakowanie.
• Liniowy: lekki model szkieletowy, przydatny dla dużych struktur.

Praca z łańcuchami i sekwencjami

Wiele struktur zawiera kilka łańcuchów, np. dwa łańcuchy α i dwa β hemoglobiny. Nadaj każdemu łańcuchowi inny styl, aby zobaczyć, jak się upakowują. Zaznaczenie odcinka sekwencji aminokwasów i zmiana jego stylu to szybki sposób na wyróżnienie pętli wiążącej lub miejsca mutacji na rysunku.

Wskazówka: eksportuj PNG do prezentacji albo PDB/XYZ/OBJ, gdy potrzebujesz współrzędnych lub siatki w innym programie. Aby zamienić związany ligand na SMILES, zobacz PDB na SMILES.