Online PDB-naar-PDBQT-converter

Kort gezegd: plak PDB-tekst, upload een .pdb-bestand of importeer via een PDB-ID voor een PDBQT-concept met uitleg over AutoDock-atoomtypen, ladingen, torsies en het formaat. Het is gratis, werkt in je webbrowser en je hoeft niets te downloaden.

Plak een PDB-structuur, upload een .pdb-bestand of importeer een structuur via een PDB-ID uit de Protein Data Bank, en zet die om naar PDBQT voor dockingpipelines. Deze browsertool voegt kolommen voor element en lading/type toe in PDBQT-opmaak voor een snelle voorbereiding.

Opmerkingen voor dockingworkflows

• Deze tool maakt direct in de browser een bruikbare PDBQT-tekstopmaak voor snel prototypen.
• Voor echte dockingruns kun je de protoneringstoestand en torsiedefinities verder verfijnen in je dockingsoftware.
• Gebruik deze pagina als snel conversiehulpmiddel wanneer je vlug een PDBQT-conceptstructuur nodig hebt.

Zo zet je PDB online om naar PDBQT

1. Plak PDB-tekst, upload een lokaal .pdb-bestand of typ een PDB-ID van 4 tekens, zoals 1CRN.
2. Klik op Omzetten naar PDBQT. De converter behoudt de ATOM/HETATM-coördinaten en schrijft PDBQT-velden voor lading en AutoDock-atoomtype.
3. Kopieer of download het gemaakte .pdbqt-bestand voor dockingvoorbereiding, snelle controles of lesvoorbeelden.
4. Controleer vóór een echte dockingrun de waterstofatomen, protonering, ladingen, atoomtypen, flexibele bindingen en opschoning van de receptor in je dockingworkflow.

PDB vs PDBQT

PDB is een algemeen coördinatenformaat uit de structuurbiologie. PDBQT wordt veel gebruikt door dockingtools zoals AutoDock, omdat het de atoomtypen en partiële ladingen bevat die nodig zijn voor dockingberekeningen.

Gerelateerde docking- en structuurtools

Het PDBQT-formaat uitgelegd

Een PDBQT-bestand lijkt op een PDB-bestand, maar dockingtools lezen extra velden aan het eind van elke atoomregel. Het deel Q staat voor partiële lading, het deel T voor het AutoDock-atoomtype.

ATOM      1  N   ALA A   1      11.104  13.207   9.142  1.00 20.00    -0.346  N
ATOM      2  CA  ALA A   1      12.560  13.320   9.420  1.00 20.00     0.186  C
HETATM    3  O   LIG L   1      10.440  11.980   8.500  1.00 20.00    -0.508 OA

PDBQT-checklist voor AutoDock Vina

Gebruik deze checklist bij het voorbereiden van PDBQT-bestanden voor AutoDock, AutoDock Vina of verwante dockingworkflows.

• Schoon de PDB op: verwijder overbodige watermoleculen, dubbele ketens, alternatieve conformaties en andere liganden dan het doelligand, tenzij ze nodig zijn.
• Voeg waterstofatomen toe: dockingscores zijn gevoelig voor de plaatsing van waterstof, vooral polaire waterstofatomen en waterstofbruggendonoren.
• Controleer de protonering: kies de protoneringstoestand die je verwacht bij de pH van je assay of onder biologische omstandigheden.
• Ken ladingen toe: gebruik een workflow voor dockingvoorbereiding voor realistische partiële ladingen vóór de definitieve docking.
• Controleer de atoomtypen: metalen, halogenen, zwavel, fosfor en geladen atomen vragen soms om zorgvuldige typering.
• Regel de torsies: PDBQT-bestanden van liganden moeten de draaibare bindingen juist definiëren; receptorbestanden zijn meestal star, tenzij flexibele zijketens apart worden voorbereid.
• Controleer de uitvoer: open de PDBQT in je docking- of visualisatietool voordat je een lange batchtaak start.

PDBQT naar PDB: wat gebeurt er omgekeerd?

Wie zoekt op PDBQT naar PDB converter, wil meestal een eenvoudig coördinatenbestand om te bekijken. Een PDBQT-bestand kun je vaak terugbrengen tot PDB-achtige ATOM/HETATM-records door de metadata voor lading, atoomtype en torsieboom te verwijderen. PDB kan echter geen AutoDock-specifieke records zoals ROOT, BRANCH, ENDBRANCH en TORSDOF bewaren.

Veelgestelde vragen

Is PDBQT hetzelfde als PDB?

Nee. PDB is een algemeen coördinatenformaat. PDBQT is een dockingformaat dat velden voor partiële lading en AutoDock-atoomtype toevoegt, en het kan torsieboominformatie voor flexibele liganden bevatten.

Waarom hebben AutoDock en Vina PDBQT nodig?

Dockingprogramma's hebben atoomtypen en ladingen nodig om te scoren en interacties te beoordelen. PDB alleen bevat meestal te weinig dockingspecifieke informatie.

Berekent deze tool echte Gasteiger-ladingen?

Nee. Deze pagina maakt in de browser een snel PDBQT-concept met een neutraal ladingsveld. Gebruik een volledige workflow voor dockingvoorbereiding voor de definitieve ladingstoekenning.

Kan ik direct importeren uit de Protein Data Bank?

Ja. Voer een PDB-ID van 4 tekens in, zoals 1CRN, en de tool haalt het PDB-bestand op bij RCSB voordat het PDBQT-concept wordt gemaakt.