SMILES-naar-3D-structuurconverter
Kort gezegd: Zet SMILES om in een interactieve 3D-structuur. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.
Plak een SMILES-string, genereer een 3D-structuur met het lichte 3Dmol.js en download die in de belangrijkste afbeeldings- en structuurformaten.
SMILES-invoer
3D-structuur
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SMILES | Uitvoer: 3D-structuur | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | 3D-structuur |
| Wat het bevat | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. | Een model met x-, y- en z-coördinaten voor elk atoom, getoond als draaibare weergave. |
| Bestand of vorm | .smi of platte tekst | Op het scherm, met downloadbare bestanden |
Bestandsformaat uitgelegd
SMILES is een compacte tekstweergave van de connectiviteit van een molecuul. Uitstekend voor invoer, zoeken en werken met databases, maar het slaat niet direct een definitieve 3D-conformatie op.
3D-structuurformaten zoals SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ en X3D slaan coördinaten of weer te geven geometrie op. SDF en PDB zijn coördinatenformaten uit de scheikunde, XYZ is een eenvoudige tabel met atoomcoördinaten en OBJ/X3D zijn 3D-modelformaten voor visualisatie. Gebruik de XYZ/Gaussian-naar-2D-converter als je coördinatenbestanden weer wilt omzetten in een afgeleide 2D-tekening. Wil je de VSEPR-vorm, bindingshoeken en hybridisatie rond een centraal atoom voorspellen, probeer dan de VSEPR-molecuulgeometriecalculator.
Gegenereerde 3D-coördinaten zijn handig voor visualisatie en onderwijs. Controleer voor docking, kwantumchemie of geometrie van publicatiekwaliteit de protonering, stereochemie, kwaliteit van de conformeer en de krachtveldoptimalisatie.
Een figuur nodig voor je verslag? Teken chemische structuren online met MolDraw, een gratis online ChemDraw-alternatief.
Laatst bijgewerkt: