SMILES naar PDBQT omzetten
Kort gezegd: Zet een SMILES-string om naar het PDBQT-formaat voor moleculaire docking en werken met AutoDock. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Zet SMILES in twee stappen om naar PDBQT: genereer een 3D-PDB uit de SMILES en zet de structuur daarna om in PDBQT-tekst die klaar is voor docking.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SMILES | Uitvoer: PDBQT | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (AutoDock-formaat) |
| Wat het bevat | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. | PDB-coördinaten plus partiële ladingen (Q) en AutoDock-atoomtypen (T), met torsiegegevens voor liganden. |
| Bestand of vorm | .smi of platte tekst | .pdbqt |
Technische werkwijze
- Stap 1: de tool vraagt 3D-PDB-coördinaten op bij een openbaar eindpunt voor SMILES-conversie.
- Stap 2: de atoomregels van de PDB worden herschreven tot PDBQT-records met kolommen voor atoomtype en lading.
- Gebruik deze snelle converter voor concepten; verfijn protonering en torsie-instellingen zo nodig in de dockingsoftware.
Bestandsformaat uitgelegd
SMILES is een compacte string met de verbindingen tussen atomen. Goed om snel een ligand te beschrijven, maar zonder dockingatoomtypen, ladingen, torsies of 3D-coördinaten.
PDBQT is een dockingformaat in AutoDock-stijl. Het slaat PDB-achtige coördinaten op plus velden voor partiële lading en AutoDock-atoomtype, en ligandbestanden kunnen torsieboomrecords bevatten zoals ROOT, BRANCH, ENDBRANCH en TORSDOF.
Deze converter maakt in de browser een concept-PDBQT. Controleer voor echte docking met AutoDock Vina de waterstofatomen, protonering, het ladingsmodel, de atoomtypen en de draaibare bindingen.
Laatst bijgewerkt: