PDB naar SMILES omzetten
Kort gezegd: Zet PDB-structuurtekst om naar SMILES via een openbare chemische resolver, zo goed als mogelijk. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Plak PDB-tekst en zet die met een resolver zo goed mogelijk om naar SMILES. Gebruik voor grote eiwitten PDB-blokken met alleen het ligand.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: PDB | Uitvoer: SMILES | |
|---|---|---|
| Volledige naam | PDB (Protein Data Bank-formaat) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Wat het bevat | 3D-atoomcoördinaten in vaste kolommen. Gebruikt voor eiwitten en kleine moleculen. | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. |
| Bestand of vorm | .pdb | .smi of platte tekst |
Bestandsformaat uitgelegd
PDB slaat 3D-atoomcoördinaten, residunamen, ketens, bezetting, B-factor en elementgegevens op. Het is gangbaar voor eiwitten, liganden, kristalstructuren en moleculaire visualisatie.
SMILES slaat een molecuul op als een compacte regel tekst met de verbindingen tussen atomen. Het is het best voor kleine moleculen en liganden, niet voor volledige eiwitmacromoleculen.
Zet voor het beste resultaat PDB-blokken met alleen het ligand om. Eiwit-PDB-bestanden bevatten vaak veel residuen en missen informatie over bindingsordes, waardoor een directe omzetting van PDB naar SMILES dubbelzinnig kan zijn.
PDB-liganden omzetten naar SMILES
PDB-bestanden slaan atoomcoördinaten op, vooral van eiwitten en nucleïnezuren uit kristallografie, NMR of cryo-EM. Kleine liganden staan als HETATM-records. Het formaat mist vaak expliciete bindingsordes voor liganden, dus om coördinaten om te zetten naar een SMILES-string moeten bindingen worden afgeleid uit atoomafstanden en residusjablonen. Daarom zijn de resultaten een beste benadering.
Goede resultaten krijgen
- Haal alleen het ligand eruit: kopieer de HETATM-regels (en eventuele CONECT-regels ervan) in plaats van het hele eiwit.
- Verwijder watermoleculen (residunaam HOH) en ionen die er niet bij horen.
- Zet om en controleer de SMILES door die te tekenen met SMILES naar structuur.
Veelvoorkomende problemen
- Ontbrekende waterstofatomen: de meeste kristalstructuren laten waterstofatomen weg, dus bindingsordes en ladingen moeten mogelijk gecontroleerd worden.
- Verkeerde bindingsordes: aromatische ringen en carbonylgroepen kunnen verkeerd worden toegekend als de geometrie vervormd is; vergelijk met de entry van het ligand in het PDB Chemical Component Dictionary.
- Alternatieve conformaties: houd er maar één (bijvoorbeeld altLoc A) om dubbele atomen te voorkomen.
Gebruik de eiwitviewer om het eiwit zelf te bekijken.
Laatst bijgewerkt: