SMILES-naar-SDF-converter
Kort gezegd: Zet SMILES-strings om in SDF-formaat voor screening en werken met datasets. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.
Zet SMILES om in SDF voor datasets en virtuele-screeningpipelines.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SMILES | Uitvoer: SDF | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Wat het bevat | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. | Een of meer MOL-records, elk met optionele gegevensvelden, gescheiden door $$$$. |
| Bestand of vorm | .smi of platte tekst | .sdf |
Bestandsformaat uitgelegd
SMILES is een compacte weergave van de connectiviteit van een molecuul als string. Handig om te zoeken en uit te wisselen, maar meestal zonder uitgebreide metadata.
SDF is een structure-data-bestandsformaat dat één of meer molecuulrecords kan bevatten, meestal met atoom- en bindingsblokken in MOL-stijl plus optionele eigenschapsvelden. SDF is gebruikelijk in screeningbibliotheken, stoffendatasets en chemo-informaticapipelines.
Gebruik SDF als je een bestand nodig hebt dat structuurrecords en stofeigenschappen samen bevat. Controleer de stereochemie en de gegenereerde coördinaten voordat je het in bulk gebruikt.
Waarom SDF?
SDF (structure-data file) slaat één of meer structuren op, elk als MOL-verbindingstabel gevolgd door optionele benoemde gegevensvelden en een scheidingsteken $$$$. Het is de standaardmanier om sets stoffen uit te wisselen tussen chemo-informaticatools, registratiesystemen voor stoffen en databases, omdat eigenschappen zoals ID's, namen of assayresultaten met elke structuur meegaan.
Zo gebruik je het
- Plak een SMILES, bijvoorbeeld paracetamol
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Converteer en download het .sdf-bestand.
- Open het in je scheikundesoftware, of voeg meerdere omgezette bestanden samen tot één bibliotheek.
Voorbeeld van de opbouw van een record
- Kopregels, daarna de telregel met het aantal atomen en bindingen.
- Het atoomblok (coördinaten en elementen) en het bindingsblok.
M END, daarna eventuele gegevensvelden zoals> <NAME>gevolgd door een waarde.$$$$om het record af te sluiten.
FAQ
Wat is het verschil tussen SDF en MOL? Een MOL-bestand bevat één structuur; een SDF kan er veel bevatten, met gegevens. Kan ik terug naar identificaties? Ja, met SDF naar InChIKey of SDF naar InChI.
Laatst bijgewerkt: