SMILES naar MOL2 omzetten
Kort gezegd: Zet SMILES-strings om naar het MOL2-formaat voor docking en medicinale chemie. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Zet SMILES-strings om naar het MOL2-formaat voor docking en compatibiliteit met pipelines.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SMILES | Uitvoer: MOL2 | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Wat het bevat | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. | 3D-coördinaten, bindingen, atoomtypen en partiële ladingen. |
| Bestand of vorm | .smi of platte tekst | .mol2 |
Bestandsformaat uitgelegd
SMILES slaat de verbindingen tussen atomen op in een korte regel tekst. Handig als identificatie, maar zonder Tripos-atoomtypen of molecuulsecties.
MOL2 is het Tripos Mol2-formaat. Het kan atomen, bindingen, substructuren, atoomtypen, coördinaten en ladingen opslaan, wat het handig maakt voor docking, moleculaire modellering en medicinale chemie.
Gebruik MOL2 als een docking- of modelleertool Tripos-atoomtypen of ladingsvelden verwacht. Controleer protonering, ladingen en gegenereerde coördinaten voordat je echt gaat docken.
Wanneer je MOL2 nodig hebt
MOL2 is een gangbaar invoerformaat voor docking, virtuele screening en moleculaire mechanica. Naast coördinaten slaat het SYBYL-atoomtypen en partiële ladingen op, waar veel modelleerprogramma's op steunen. Een SMILES-string omzetten naar MOL2 is een snelle manier om een ligand voor te bereiden als je alleen de structuur als tekst hebt.
Zo gebruik je het
- Plak de SMILES van je ligand, bijvoorbeeld ibuprofen
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Zet om en download het .mol2-bestand.
- Open het in je modelleer- of dockingsoftware.
Vóór het docken
- Protonering: bepaal welke ladingstoestand relevant is bij de pH van je target. Een carbonzuur zoals ibuprofen is bij pH 7,4 grotendeels gedeprotoneerd.
- Stereochemie: geef @ of @@ op in de SMILES voor chirale centra; anders kiest de gegenereerde geometrie er mogelijk willekeurig één.
- Geometrie: gegenereerde 3D-coördinaten zijn een startconformeer; energieminimalisatie in je modelleerpakket wordt meestal aanbevolen.
Zie voor dockingprogramma's die PDBQT nodig hebben SMILES naar PDBQT. Terug gaan kan met MOL2 naar SMILES.
Laatst bijgewerkt: