SDF→InChI変換ツール
概要：SDFやMOLのブロックを、索引付けや検索用の標準InChI文字列に変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。
SDFまたはMOLのブロックを貼り付けると、標準InChI文字列に変換します。
ここにInChIが表示されます。
入力形式と出力形式
| 入力：SDF | 出力：InChI | |
|---|---|---|
| 正式名称 | SDF（Structure Data File） | InChI（IUPAC International Chemical Identifier） |
| 含まれる情報 | 1つ以上のMOLレコード。それぞれに任意のデータフィールドがあり、$$$$で区切られます。 | 構造から作られる階層化されたテキスト識別子。標準InChIはどのプログラムでも同じになります。 |
| ファイル・形式 | .sdf | InChI=1S/で始まるテキスト |
ファイル形式の解説
SDFは、MOL形式の原子ブロックと結合ブロックに任意の物性フィールドを加えた分子レコードを保存します。化合物ライブラリやスクリーニング用データセットでよく使われます。
InChIは、分子を階層化されたテキスト形式で表すIUPACの標準識別子です。SDFをInChIに変換すると、検索、索引付け、重複除去のための安定した識別子が得られます。
SDFに複数のレコードが含まれる場合は、慎重に変換して確認してください。塩、混合物、立体化学、水素の欠落は、得られるInChIに影響することがあります。
SDFファイルについて
SDF（structure-data file）は、基本的に多数のMOLレコードをつなげたものです。各レコードの後には> <NAME>や> <CAS>のような任意のデータフィールドが続き、$$$$を含む行で終わります。1つのファイルに数千の分子とその物性を収められるため、化合物ライブラリ、PubChemのダウンロード、試薬メーカーのカタログでよく使われます。
InChIを生成する理由
標準InChIは、原子の順序や描き方に依存しない正準な識別子をすべての構造に与えます。ライブラリの統合、重複の除去、公開データベースとの化合物の照合に便利です。
使い方
- .sdfファイルをプレーンテキストエディターで開きます。
- 1つのレコード（ヘッダーから
$$$$まで）をコピーして貼り付けます。 - 変換してInChIをコピーするか、InChI→InChIKeyで短くします。
トラブルシューティング
- 特殊な元素、クエリ原子、R基を含むレコードでは、標準InChIが生成されないことがあります。
- 大きなファイルは、数レコードずつ扱うと簡単です。
- 元の空白を保ってください。SDFの結合表は桁位置に基づいています。
最終更新：