محوّل SMILES إلى SDF
باختصار: حوّل سلاسل SMILES إلى صيغة SDF لسير عمل الفحص ومجموعات البيانات. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
حوّل SMILES إلى SDF لمسارات مجموعات البيانات والفحص الافتراضي.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SMILES | الإخراج: SDF | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (ملف بيانات البنية) |
| ما الذي تحتويه | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. دون إحداثيات. | سجل MOL واحد أو أكثر، لكلٍّ منها حقول بيانات اختيارية، يفصل بينها $$$$. |
| الملف أو الشكل | ملف .smi أو نص عادي | .sdf |
شرح صيغة الملف
SMILES تمثيل نصي مدمج لترابط الجزيء. وهو مناسب للبحث والتبادل، لكنه لا يتضمن عادةً بيانات وصفية غنية.
SDF صيغة ملفات لبيانات البنى يمكنها تخزين سجل جزيء واحد أو سجلات كثيرة، عادةً مع كتل ذرات/روابط بنمط MOL إضافةً إلى حقول خصائص اختيارية. وصيغة SDF شائعة في مكتبات الفحص ومجموعات بيانات المركبات ومسارات المعلوماتية الكيميائية.
استخدم SDF حين تحتاج إلى ملف يحمل سجلات البنى وخصائص المركبات معًا. راجع الكيمياء الفراغية والإحداثيات المولّدة قبل الاستخدام على دفعات.
لماذا SDF
يخزّن SDF (ملف بيانات البنية) بنية واحدة أو أكثر، كلٌّ منها جدول اتصال MOL تليه حقول بيانات مسمّاة اختيارية وفاصل $$$$. وهو الطريقة القياسية لنقل مجموعات المركبات بين أدوات المعلوماتية الكيميائية وأنظمة تسجيل المركبات وقواعد البيانات، لأن خصائص مثل المعرّفات أو الأسماء أو نتائج الاختبارات يمكن أن تنتقل مع كل بنية.
طريقة الاستخدام
- الصق SMILES، مثلًا الباراسيتامول
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - حوّل ونزّل ملف .sdf.
- افتحه في برنامج الكيمياء لديك، أو اجمع عدة ملفات محوّلة في مكتبة واحدة.
مثال على تخطيط السجل
- أسطر الترويسة، ثم سطر الأعداد بعدد الذرات والروابط.
- كتلة الذرات (الإحداثيات والعناصر) وكتلة الروابط.
M END، ثم أي حقول بيانات مثل> <NAME>تليها قيمة.$$$$لإغلاق السجل.
الأسئلة الشائعة
ما الفرق بين SDF وMOL؟ يحمل ملف MOL بنية واحدة، أما SDF فيمكن أن يحمل بنى كثيرة مع بياناتها. هل يمكنني الرجوع إلى المعرّفات؟ نعم، باستخدام SDF إلى InChIKey أو SDF إلى InChI.
آخر تحديث: