SMILES’tan SDF’ye Dönüştürücü
Kısaca: SMILES dizelerini tarama ve veri seti çalışmaları için SDF biçimine dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Veri setleri ve sanal tarama süreçleri için SMILES’ı SDF’ye dönüştürün.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SMILES | Çıktı: SDF | |
|---|---|---|
| Tam adı | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| İçerdiği bilgi | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satırlık metin olarak. Koordinat içermez. | Her biri isteğe bağlı veri alanları içerebilen, $$$$ ile ayrılmış bir veya daha fazla MOL kaydı. |
| Dosya veya biçim | .smi veya düz metin | .sdf |
Dosya Biçimi Açıklaması
SMILES, moleküldeki bağlantıların kısa bir dize gösterimidir. Arama ve paylaşım için pratiktir, ancak genellikle zengin meta veri içermez.
SDF, genellikle MOL tarzı atom/bağ blokları ve isteğe bağlı özellik alanlarıyla bir veya çok sayıda molekül kaydını saklayabilen bir yapı-veri dosya biçimidir. SDF tarama kütüphanelerinde, bileşik veri setlerinde ve kemoinformatik süreçlerinde yaygındır.
Yapı kayıtlarını ve bileşik özelliklerini birlikte taşıyabilen bir dosyaya ihtiyacınız olduğunda SDF kullanın. Toplu kullanımdan önce stereokimyayı ve oluşturulan koordinatları gözden geçirin.
Neden SDF
SDF (yapı-veri dosyası) bir veya daha fazla yapıyı saklar; her biri bir MOL bağlantı tablosu, ardından isteğe bağlı adlandırılmış veri alanları ve bir $$$$ ayırıcıdan oluşur. Kimlik numaraları, adlar veya deney sonuçları gibi özellikler her yapıyla birlikte taşınabildiği için, bileşik setlerini kemoinformatik araçları, bileşik kayıt sistemleri ve veritabanları arasında aktarmanın standart yoludur.
Nasıl kullanılır
- Bir SMILES yapıştırın, örneğin parasetamol
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Dönüştürün ve .sdf dosyasını indirin.
- Dosyayı kimya yazılımınızda açın veya dönüştürülmüş birkaç dosyayı tek bir kütüphanede birleştirin.
Örnek kayıt düzeni
- Başlık satırları, ardından atom ve bağ sayılarını içeren sayım satırı.
- Atom bloğu (koordinatlar ve elementler) ve bağ bloğu.
M END, ardından> <NAME>gibi veri alanları ve her birinin değeri.- Kaydı kapatmak için
$$$$.
SSS
SDF’nin MOL’dan farkı nedir? Bir MOL dosyası tek bir yapı tutar; bir SDF ise verileriyle birlikte çok sayıda yapı tutabilir. Tanımlayıcılara geri dönebilir miyim? Evet, SDF’den InChIKey’e veya SDF’den InChI’ye araçlarıyla.
Son güncelleme: