Convertitore da SMILES a SDF
In breve: converti stringhe SMILES in formato SDF per screening e dataset. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.
Converti SMILES in SDF per dataset e pipeline di screening virtuale.
Formati di input e output
| Input: SMILES | Output: SDF | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Cosa contiene | Atomi, legami, anelli, cariche e stereochimica in una sola riga di testo. Nessuna coordinata. | Uno o più record MOL, ciascuno con campi dati facoltativi, separati da $$$$. |
| File o forma | .smi o testo semplice | .sdf |
Formati di file spiegati
Lo SMILES è una rappresentazione compatta in stringa della connettività molecolare. È comodo per ricerca e scambio, ma di solito non include metadati ricchi.
SDF è un formato di file structure-data che può memorizzare uno o più record di molecole, di solito con blocchi di atomi/legami in stile MOL più campi di proprietà facoltativi. SDF è comune nelle librerie di screening, nei dataset di composti e nelle pipeline di chemioinformatica.
Usa SDF quando ti serve un file che porti insieme record strutturali e proprietà dei composti. Controlla stereochimica e coordinate generate prima dell'uso in batch.
Perché SDF
SDF (structure-data file) memorizza una o più strutture, ciascuna come tabella di connessione MOL seguita da campi dati con nome facoltativi e da un separatore $$$$. È il modo standard per spostare insiemi di composti tra strumenti di chemioinformatica, sistemi di registrazione dei composti e banche dati, perché proprietà come ID, nomi o risultati di saggi possono viaggiare con ogni struttura.
Come si usa
- Incolla uno SMILES, per esempio il paracetamolo
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Converti e scarica il file .sdf.
- Aprilo nel tuo software di chimica, oppure unisci più file convertiti in un'unica libreria.
Esempio di struttura di un record
- Righe di intestazione, poi la riga dei conteggi con il numero di atomi e legami.
- Il blocco degli atomi (coordinate ed elementi) e il blocco dei legami.
M END, poi eventuali campi dati come> <NAME>seguiti da un valore.$$$$per chiudere il record.
FAQ
In che cosa SDF differisce da MOL? Un file MOL contiene una sola struttura; un SDF può contenerne molte, con dati. Posso tornare agli identificatori? Sì, con da SDF a InChIKey o da SDF a InChI.
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