SMILES → SDF 변환기

요약: 스크리닝과 데이터셋 작업을 위해 SMILES 문자열을 SDF 형식으로 변환하세요. 무료이며 웹 브라우저에서 바로 작동하고 다운로드가 필요 없습니다.

데이터셋과 가상 스크리닝 파이프라인을 위해 SMILES를 SDF로 변환하세요.

파일 형식 설명

SMILES는 분자의 연결 관계를 간결한 문자열로 나타냅니다. 검색과 교환에 편리하지만 보통 풍부한 메타데이터는 포함하지 않습니다.

SDF는 분자 레코드를 하나 또는 여러 개 저장할 수 있는 구조-데이터 파일 형식으로, 보통 MOL 형식의 원자/결합 블록과 선택적 속성 필드를 가집니다. 스크리닝 라이브러리, 화합물 데이터셋, 화학 정보학 파이프라인에서 흔히 씁니다.

구조 레코드와 화합물 속성을 함께 담은 파일이 필요할 때 SDF를 사용하세요. 일괄 사용 전에 입체화학과 생성된 좌표를 검토하세요.

SDF를 쓰는 이유

SDF(structure-data file)는 하나 이상의 구조를 저장하며, 각 구조는 MOL 연결 표와 그 뒤의 선택적 이름 있는 데이터 필드, $$$$ 구분자로 이루어집니다. ID, 이름, 분석 결과 같은 속성이 각 구조와 함께 이동할 수 있어 화학 정보학 도구, 화합물 등록 시스템, 데이터베이스 사이에서 화합물 세트를 옮기는 표준 방법입니다.

사용 방법

1. SMILES를 붙여 넣으세요. 예: 파라세타몰 CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O.
2. 변환한 뒤 .sdf 파일을 다운로드하세요.
3. 화학 소프트웨어에서 열거나, 변환한 파일 여러 개를 하나의 라이브러리로 합치세요.

레코드 구성 예

• 헤더 줄, 그다음 원자 수와 결합 수가 있는 개수 줄.
• 원자 블록(좌표와 원소)과 결합 블록.
• M END, 그다음 > <NAME> 같은 데이터 필드와 그 값.
• 레코드를 닫는 $$$$.

자주 묻는 질문

SDF와 MOL은 어떻게 다른가요? MOL 파일에는 구조가 하나 들어 있고, SDF에는 데이터와 함께 여러 구조가 들어갈 수 있습니다. 다시 식별자로 돌아갈 수 있나요? 네, SDF → InChIKey나 SDF → InChI를 사용하세요.