Konverter SMILES ke SDF
Singkatnya: Ubah string SMILES menjadi format SDF untuk alur kerja penapisan dan dataset. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Ubah SMILES menjadi SDF untuk pipeline dataset dan penapisan virtual.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: SMILES | Keluaran: SDF | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Isi data | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. | Satu atau beberapa rekaman MOL, masing-masing dengan bidang data opsional, dipisahkan oleh $$$$. |
| File atau bentuk | .smi atau teks biasa | .sdf |
Penjelasan Format File
SMILES adalah representasi string ringkas dari keterhubungan molekul. Praktis untuk pencarian dan pertukaran data, tetapi biasanya tidak menyertakan metadata yang lengkap.
SDF adalah format file data struktur yang dapat menyimpan satu atau banyak rekaman molekul, biasanya dengan blok atom/ikatan bergaya MOL ditambah bidang sifat opsional. SDF umum dipakai di pustaka penapisan, dataset senyawa, dan pipeline kemoinformatika.
Gunakan SDF jika Anda memerlukan file yang dapat membawa rekaman struktur dan sifat senyawa sekaligus. Periksa stereokimia dan koordinat yang dihasilkan sebelum dipakai secara massal.
Mengapa SDF
SDF (structure-data file) menyimpan satu atau lebih struktur, masing-masing sebagai tabel koneksi MOL yang diikuti bidang data bernama opsional dan pemisah $$$$. Ini cara standar memindahkan kumpulan senyawa antar-alat kemoinformatika, sistem registrasi senyawa, dan basis data, karena sifat seperti ID, nama, atau hasil uji dapat ikut bersama setiap struktur.
Cara menggunakannya
- Tempel SMILES, misalnya parasetamol
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Konversi dan unduh file .sdf.
- Buka di perangkat lunak kimia Anda, atau gabungkan beberapa file hasil konversi menjadi satu pustaka.
Contoh tata letak rekaman
- Baris header, lalu baris hitungan dengan jumlah atom dan ikatan.
- Blok atom (koordinat dan unsur) dan blok ikatan.
M END, lalu bidang data apa pun seperti> <NAME>yang diikuti nilainya.$$$$untuk menutup rekaman.
FAQ
Apa bedanya SDF dengan MOL? File MOL memuat satu struktur; SDF dapat memuat banyak struktur beserta datanya. Bisakah dikembalikan ke pengenal? Bisa, dengan SDF ke InChIKey atau SDF ke InChI.
Terakhir diperbarui: