MolDraw › Alat kimia › Panduan Notasi SMILES
Panduan Notasi SMILES
Singkatnya: Pelajari notasi SMILES: apa itu SMILES, aturan untuk atom, ikatan, cabang, cincin, aromatisitas, dan stereo, kode SMILES molekul umum, serta validator SMILES langsung dengan pratinjau 2D. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
SMILES menuliskan molekul sebagai satu baris teks. Panduan ini membahas setiap aturan yang Anda perlukan, dengan contoh soal dan tabel kode SMILES molekul umum. Validator langsung memeriksa SMILES Anda, memberikan rumusnya, dan menggambarnya.
= dan # untuk ikatan rangkap dua dan tiga, ( ) untuk cabang, angka berpasangan untuk cincin, dan huruf kecil untuk atom aromatik. Etanol adalah CCO dan benzena adalah c1ccccc1.Apa itu SMILES?
SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) adalah cara menuliskan struktur kimia sebagai satu baris teks ASCII. David Weininger memperkenalkannya pada 1988 (J. Chem. Inf. Comput. Sci. 28, 31–36). Kini spesifikasi OpenSMILES mendokumentasikannya. String SMILES mencantumkan atom sesuai urutan Anda menjumpainya saat menelusuri molekul, dengan simbol untuk ikatan, cabang, dan penutupan cincin. Etanol adalah CCO, benzena c1ccccc1, dan kafein Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C.
Karena berupa teks biasa, SMILES menjadi cara standar untuk menyimpan, mencari, dan bertukar molekul di basis data (PubChem, ChEMBL), lembar kerja, kode, dan dataset pembelajaran mesin. SMILES dapat diketik atau disalin ke hampir semua program kimia, termasuk MolDraw.
Aturan SMILES dalam 8 langkah
| Aturan | Cara kerjanya | Contoh |
|---|---|---|
| Atom | Atom subset organik B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, I ditulis sebagai simbol saja. Hidrogen ditambahkan otomatis untuk memenuhi valensi normal. | C metana, O air, N amonia, CCl klorometana |
| Kurung siku | Unsur lain, muatan, isotop, atau H eksplisit ditulis dalam kurung siku, dan hidrogen tidak lagi ditambahkan otomatis. | [Na+], [NH4+], [O-], [13CH4], [Fe+2] |
| Ikatan | Ikatan tunggal tersirat di antara atom bertetangga. Tulis = untuk rangkap dua, # untuk rangkap tiga, dan . untuk memisahkan bagian yang tidak berikatan. | CC etana, C=C etena, C#N HCN, [Na+].[Cl-] |
| Cabang | Cabang ditulis dalam tanda kurung setelah atom tempatnya terikat. Cabang dapat bersarang. | CC(C)C isobutana, CC(=O)O asam asetat |
| Cincin | Putuskan satu ikatan cincin dan beri label kedua ujungnya dengan angka yang sama. Angka dapat dipakai ulang setelah cincin ditutup, dan %10 ke atas dipakai untuk jumlah cincin yang sangat banyak. | C1CCCCC1 sikloheksana, C1CC1 siklopropana |
| Aromatisitas | Atom berhuruf kecil bersifat aromatik, dan ikatan di antaranya aromatik. Bentuk Kekulé dengan ikatan = berselang-seling juga valid. | c1ccccc1 = C1=CC=CC=C1 benzena; c1cc[nH]c1 pirol |
| Stereo (cis/trans) | / dan \ menunjukkan arah ikatan di setiap sisi ikatan rangkap. | F/C=C/F trans, F/C=C\F cis-1,2-difluoroetena |
| Stereo (kiralitas) | @ (berlawanan arah jarum jam) atau @@ (searah jarum jam) di dalam kurung siku memberikan urutan atom tetangga jika dilihat dari tetangga pertama. | C[C@@H](C(=O)O)N L-alanina |
Menulis SMILES secara manual: isobutanol
- Gambar kerangkanya tanpa hidrogen: (CH₃)₂CH–CH₂–OH.
- Pilih atom awal di salah satu ujung, mis. karbon metil:
C. - Lanjut ke tetangganya, karbon CH:
CC. Karbon ini memiliki metil kedua, yang ditulis sebagai cabang:CC(C). - Lanjutkan sepanjang rantai utama ke CH₂ lalu O:
CC(C)CO. - Hidrogen implisit, jadi
CC(C)COsudah lengkap: C₄H₁₀O.
Banyak SMILES dapat mendeskripsikan molekul yang sama (OCC(C)C juga isobutanol). SMILES kanonis adalah satu versi baku yang dihasilkan program, sehingga molekul identik menghasilkan string identik. SMILES isomerik juga menyimpan stereokimia dan isotop.
Kode SMILES molekul umum
SMILES dari PubChem, dengan rumus yang diperiksa oleh parser halaman ini. Ketuk Coba untuk memuatnya ke validator.
| Molekul | SMILES | Rumus |
|---|---|---|
| Asam asetat | CC(=O)O | C2H4O2 |
| Aseton | CC(=O)C | C3H6O |
| Adrenalin (epinefrin) | CNC[C@@H](C1=CC(=C(C=C1)O)O)O | C9H13NO3 |
| Amonia | N | H3N |
| Aspirin | CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O | C9H8O4 |
| Benzena | C1=CC=CC=C1 | C6H6 |
| Kafein | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | C8H10N4O2 |
| Karbon dioksida | C(=O)=O | CO2 |
| Kolesterol | C[C@H](CCCC(C)C)[C@H]1CC[C@@H]2[C@@]1(CC[C@H]3[C@H]2CC=C4[C@@]3(CC[C@@H](C4)O)C)C | C27H46O |
| Asam sitrat | C(C(=O)O)C(CC(=O)O)(C(=O)O)O | C6H8O7 |
| Sikloheksana | C1CCCCC1 | C6H12 |
| Etanol | CCO | C2H6O |
| Etena | C=C | C2H4 |
| Etuna | C#C | C2H2 |
| Glukosa | C([C@@H]1[C@H]([C@@H]([C@H](C(O1)O)O)O)O)O | C6H12O6 |
| Glisina | C(C(=O)O)N | C2H5NO2 |
| Ibuprofen | CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O | C13H18O2 |
| L-Alanina | C[C@@H](C(=O)O)N | C3H7NO2 |
| Metana | C | CH4 |
| Metanol | CO | CH4O |
| Naftalena | c1ccc2ccccc2c1 | C10H8 |
| Parasetamol | CC(=O)Nc1ccc(O)cc1 | C8H9NO2 |
| Fenol | Oc1ccccc1 | C6H6O |
| Piridina | c1ccncc1 | C5H5N |
| Serotonin | C1=CC2=C(C=C1O)C(=CN2)CCN | C10H12N2O |
| Natrium klorida | [Na+].[Cl-] | ClNa |
| Sukrosa | C([C@@H]1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@H](O1)O[C@]2([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)CO)O)O)O)O | C12H22O11 |
| Toluena | Cc1ccccc1 | C7H8 |
| Vanilin | COC1=C(C=CC(=C1)C=O)O | C8H8O3 |
| Air | O | H2O |
Kesalahan umum SMILES
- Cincin tidak ditutup:
C1CCmembuka cincin 1 tetapi tidak pernah menutupnya. - Kesalahan valensi:
C(C)(C)(C)(C)Cmemberi karbon lima ikatan. - N–H aromatik: pirol adalah
c1cc[nH]c1, dan[nH]dalam kurung siku wajib ditulis. - Huruf besar-kecil penting:
Coadalah kobalt, sedangkanCOadalah metanol, danScadalah skandium, bukan S ditambah C aromatik. - Muatan memerlukan kurung siku: tulis
[O-], bukanO-.
Konversi SMILES ke format lain
MolDraw memiliki konverter gratis untuk setiap arah yang umum: SMILES ke struktur (2D), struktur ke SMILES, nama ke SMILES, SMILES ke nama IUPAC, SMILES ke InChI, SMILES ke MOL, dan SMILES ke 3D.
Menggambar struktur untuk catatan Anda? MolDraw adalah editor struktur kimia online gratis untuk molekul, reaksi, dan diagram laboratorium.
Buka editor MolDrawPertanyaan yang sering diajukan
Apa kepanjangan SMILES dalam kimia?
Simplified Molecular Input Line Entry System: notasi garis yang menuliskan struktur molekul sebagai string teks pendek, seperti CCO untuk etanol.
Apa kode SMILES untuk air?
O. Hidrogen bersifat implisit, sehingga satu oksigen berarti H₂O. Bentuk eksplisitnya [OH2].
Bagaimana cincin ditulis dalam SMILES?
Putuskan satu ikatan cincin dan tulis angka yang sama setelah kedua atomnya: sikloheksana adalah C1CCCCC1 dan benzena adalah c1ccccc1.
Apa arti huruf kecil dalam SMILES?
Atom aromatik: c, n, o, s, p (dan b). c1ccccc1 adalah benzena dengan ikatan aromatik.
Apa perbedaan SMILES kanonis dan SMILES isomerik?
SMILES kanonis adalah satu string baku untuk setiap molekul. SMILES isomerik juga mengodekan stereokimia (@, @@, /, \) dan isotop. PubChem menyediakan keduanya.
Bagaimana cara mendapatkan SMILES suatu molekul?
Gambar molekulnya dan gunakan struktur ke SMILES, konversi nama dengan nama ke SMILES, atau cari di PubChem. Lalu tempel ke validator di atas untuk memeriksanya.
Alat kimia terkait
Terakhir diperbarui: