Konverter SMILES ke MOL2
Singkatnya: Ubah string SMILES ke format MOL2 untuk docking dan alur kerja kimia medisinal. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Ubah string SMILES ke format MOL2 untuk docking dan kompatibilitas pipeline.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: SMILES | Keluaran: MOL2 | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Isi data | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. | Koordinat 3D, ikatan, tipe atom, dan muatan parsial. |
| File atau bentuk | .smi atau teks biasa | .mol2 |
Penjelasan Format File
SMILES menyimpan konektivitas molekul dalam satu baris teks pendek. Format ini berguna sebagai pengenal, tetapi tidak membawa penentuan tipe atom Tripos atau bagian molekul.
MOL2 adalah format Tripos Mol2. Format ini dapat menyimpan atom, ikatan, substruktur, tipe atom, koordinat, dan muatan, sehingga berguna dalam docking, pemodelan molekul, dan alur kerja kimia medisinal.
Gunakan MOL2 bila alat docking atau pemodelan membutuhkan tipe atom Tripos atau kolom muatan. Validasi protonasi, muatan, dan koordinat yang dihasilkan sebelum docking tingkat produksi.
Kapan Anda membutuhkan MOL2
MOL2 adalah format masukan umum untuk docking, penapisan virtual, dan mekanika molekuler. Selain koordinat, format ini menyimpan tipe atom SYBYL dan muatan parsial yang diandalkan banyak program pemodelan. Mengubah string SMILES ke MOL2 adalah cara cepat menyiapkan ligan bila Anda hanya memiliki strukturnya dalam bentuk teks.
Cara menggunakannya
- Tempel SMILES ligan Anda, misalnya ibuprofen
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Lakukan konversi dan unduh file .mol2.
- Buka file tersebut di perangkat lunak pemodelan atau docking Anda.
Sebelum docking
- Protonasi: tentukan keadaan muatan yang relevan pada pH target Anda. Asam karboksilat seperti ibuprofen sebagian besar terdeprotonasi pada pH 7,4.
- Stereokimia: tentukan @ atau @@ dalam SMILES untuk pusat kiral; jika tidak, geometri yang dihasilkan mungkin memilih salah satunya secara acak.
- Geometri: koordinat 3D yang dihasilkan adalah konformer awal; minimisasi energi di paket pemodelan Anda biasanya disarankan.
Untuk program docking yang memerlukan PDBQT, lihat SMILES ke PDBQT. Untuk arah sebaliknya, gunakan MOL2 ke SMILES.
Terakhir diperbarui: