Konverter PDB ke SMILES
Singkatnya: Ubah teks struktur PDB menjadi SMILES dengan alur kerja resolver kimia publik (upaya terbaik). Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Tempel teks PDB dan ubah menjadi SMILES dengan resolver upaya terbaik. Untuk protein besar, gunakan blok PDB yang hanya berisi ligan.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: PDB | Keluaran: SMILES | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | PDB (format Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Isi data | Koordinat atom 3D dalam kolom tetap. Dipakai untuk protein dan molekul kecil. | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. |
| File atau bentuk | .pdb | .smi atau teks biasa |
Penjelasan Format File
PDB menyimpan koordinat atom 3D, nama residu, rantai, okupansi, faktor B, dan data unsur. Format ini umum untuk protein, ligan, struktur kristal, dan visualisasi molekul.
SMILES menyimpan molekul sebagai satu baris teks konektivitas yang ringkas. Format ini paling cocok untuk molekul kecil dan ligan, bukan makromolekul protein utuh.
Untuk hasil terbaik, ubah blok PDB yang hanya berisi ligan. File PDB protein sering memuat banyak residu dan tidak memiliki informasi orde ikatan, sehingga konversi langsung PDB ke SMILES bisa ambigu.
Mengubah ligan PDB menjadi SMILES
File PDB menyimpan koordinat atom, terutama untuk protein dan asam nukleat dari kristalografi, NMR, atau cryo-EM. Ligan molekul kecil muncul sebagai rekaman HETATM. Format ini sering tidak mencantumkan orde ikatan ligan secara eksplisit, sehingga mengubah koordinat menjadi string SMILES berarti menyimpulkan ikatan dari jarak antaratom dan templat residu. Karena itulah hasilnya bersifat upaya terbaik.
Mendapatkan hasil yang baik
- Ambil ligannya saja: salin baris HETATM-nya (dan baris CONECT miliknya) alih-alih seluruh protein.
- Hapus molekul air (nama residu HOH) dan ion yang tidak terkait.
- Lakukan konversi, lalu periksa SMILES dengan menggambarnya di SMILES ke Struktur.
Masalah umum
- Hidrogen hilang: sebagian besar struktur kristal tidak menyertakan hidrogen, sehingga orde ikatan dan muatan mungkin perlu diperiksa.
- Orde ikatan salah: cincin aromatik dan karbonil dapat salah ditetapkan bila geometrinya terdistorsi; bandingkan dengan entri ligan di PDB Chemical Component Dictionary.
- Konformasi alternatif: simpan satu saja (misalnya altLoc A) untuk menghindari atom ganda.
Untuk melihat proteinnya, gunakan Penampil Protein.
Terakhir diperbarui: