Konverter SMILES ke PDBQT
Singkatnya: Ubah string SMILES ke format PDBQT untuk docking molekuler dan alur kerja bergaya AutoDock. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Ubah SMILES ke PDBQT dalam dua langkah: buat PDB 3D dari SMILES, lalu ubah strukturnya menjadi teks PDBQT yang siap untuk alur kerja docking.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: SMILES | Keluaran: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (format AutoDock) |
| Isi data | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. | Koordinat PDB ditambah muatan parsial (Q) dan tipe atom AutoDock (T), dengan data torsi untuk ligan. |
| File atau bentuk | .smi atau teks biasa | .pdbqt |
Alur Kerja Teknis
- Langkah 1: alat ini meminta koordinat PDB 3D dari layanan konversi SMILES publik.
- Langkah 2: baris atom PDB ditulis ulang menjadi rekaman bergaya PDBQT dengan kolom tipe atom dan muatan.
- Gunakan konverter cepat ini untuk draf; sesuaikan pengaturan protonasi dan torsi di perangkat lunak docking bila diperlukan.
Penjelasan Format File
SMILES adalah string konektivitas yang ringkas. Format ini cocok untuk mendeskripsikan ligan dengan cepat, tetapi tidak memuat tipe atom docking, muatan, torsi, atau koordinat 3D.
PDBQT adalah format docking bergaya AutoDock. Format ini menyimpan koordinat mirip PDB ditambah kolom muatan parsial dan tipe atom AutoDock, dan file ligan dapat memuat rekaman pohon torsi seperti ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, dan TORSDOF.
Konverter ini membuat draf PDBQT di sisi peramban. Untuk docking AutoDock Vina tingkat produksi, periksa kembali hidrogen, protonasi, model muatan, penentuan tipe atom, dan ikatan yang dapat berotasi.
Terakhir diperbarui: